Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTTTTGTGCTGCTGAGGATGATGGAACTGATTCTTGCTGGCGTGTATTGGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagcaaactaactctgttttcatgatttaattggcttatatggcattgccctgcatacacatgaaagtgttttcacctgcctgtgccagaacatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G07790.2
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6914635|gb|AW396157.1|AW396157
EST:     AAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: AAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
EST: gi|254337021|gb|GR843200.1|GR843200
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTTTGGATTGGCA
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCA
EST: gi|208302892|gb|GE099509.1|GE099509
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
EST: gi|10253942|gb|BE821757.1|BE821757
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
EST: gi|208145873|gb|GD943190.1|GD943190
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
EST: gi|254337020|gb|GR843199.1|GR843199
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
EST: gi|208310532|gb|GE105948.1|GE105948
EST:     GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTG                         TTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG
genomic: GGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagca ... ttctttctagTTCTGGATTGGCAGAAGTGAGCTGTTTTGGGATTATAAGATATCAAAAATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTTTTTGTGCTGCTGAGGATGATGGAACTGATTCTTGCTGGCGTGTATTGGGCTACCTAATGATGAAGCTCCAAGAAGTGTAATTTATGGCTACAGTTGgtaattagcaaactaactctgttttcatgatttaattggcttatatggcattgccctgcatacacatgaaagtgttttcacctgcctgtgccagaacatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT