1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CAGTGGGAATTTTATGATGAATAGTATGGAATCTTTTGGGGGATATGGTGGTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttatacatactggtgattttatggccaataatatataagggaaatggaatttggagttttggacaatttgtctagaatttgacctgcttagcaa...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G05940.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|193691040|gb|FK627099.1|FK627099
genomic: GCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGANCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|208103893|gb|GD908168.1|GD908168
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|192319868|gb|FK012944.1|FK012944
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|192319869|gb|FK012945.1|FK012945
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|7234504|gb|AW569841.1|AW569841
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|208099150|gb|GD900807.1|GD900807
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGAEST: gi|19346268|gb|BM891148.1|BM891148
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
EST: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGAT TGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
genomic: GTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttat ... tcttttgcagTGGGGTTATGGAATTGGGAGACCATCAAGAGCAGCAGATTGGAGGTATAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGTGGGAATTTTATGATGAATAGTATGGAATCTTTTGGGGGATATGGTGGTCCTGTGCGATCTTATGGGAGGATGTATGGTAGCTTGGACTTTGATGATgtgagtttatacatactggtgattttatggccaataatatataagggaaatggaatttggagttttggacaatttgtctagaatttgacctgcttagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG