Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACTTTGTGAATGACATGAACTCGTCCCCATTATATGTCAGTCTTAAAGCAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgcattacaagcaatatgcctataagcacaacttttctcactgaaatgtatttctctggaccaatttatgtgctaaagatggggtatatactt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G36250.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58014763|gb|CX701505.1|CX701505
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
EST: gi|22523278|gb|BU082089.1|BU082089
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
EST: gi|22523363|gb|BU082166.1|BU082166
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
EST: gi|51337238|gb|CO981104.1|CO981104
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
EST: gi|10842901|gb|BF066262.1|BF066262
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
EST: gi|19270633|gb|BM886889.1|BM886889
EST:     CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAAT                         TCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG
genomic: CAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgc ... ctatgtgcagTCTATCAATGTGATGGATTACTCCTTGCTTGTTGGAGTAGATTCTCAGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAACTTTGTGAATGACATGAACTCGTCCCCATTATATGTCAGTCTTAAAGCAAAGCGTTATCTTCAACGTGCTGTTTGGAATGACACATCTTTTCTGAATgtaagtctgcattacaagcaatatgcctataagcacaacttttctcactgaaatgtatttctctggaccaatttatgtgctaaagatggggtatatactt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT