Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttctatttttgaaatcattttgtttatcttgccttgcctatttttatggttggaatgtcgttccactattttgaattcctttgggaattagttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G31310.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G31310.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv04s0023g00140.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttctatttttgaaatcattttgtttatcttgccttgcctatttttatggttggaatgtcgttccactattttgaattcctttgggaattagttt----
|| | || | | || ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||   | |||||  ||||  ||    ||  | ||   ||  |||   |  |   | || ||| |    ||  ||||  ||     
GTCCAAGCTCTCAAAGATTTTTTCAACATGCTTTCAAATgtcaggttctactcttgagat--gtatgttttgcttggtttatagatggtaataactgagatgcaatatctgaaattagaaataaaatg--aattgcttacatg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193661647|gb|FK602601.1|FK602601
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|14011604|gb|BG726526.1|BG726526
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|19345947|gb|BM890827.1|BM890827
EST:     GAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|10231661|gb|BE800549.1|BE800549
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|22928753|gb|BU545892.1|BU545892
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGANNNNNNNGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|208081318|gb|GD881650.1|GD881650
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|21602012|gb|BQ612343.1|BQ612343
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|7690977|gb|AW759112.1|AW759112
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
EST: gi|31471412|gb|CD413440.1|CD413440
EST:     GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAAT                         GATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA
genomic: GTTCGAGTTATGAAGGATTTCTACGACATGCTTTCAAATgtcaggttct ... tgtggaacagGATCCATCACGTGCTTGTTATGGAATGAAACATGTTGAGGTTGCCAATGAA