Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaatttggaacacaacacatgattttgtctcttatgtcagatgaaacaatacattatcacagtcataggtgacccttttggacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193429551|gb|FK393589.1|FK393589
EST:     ATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
genomic: ATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTC-TTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
EST: gi|193529223|gb|FK484414.1|FK484414
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAGGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|208079899|gb|GD876241.1|GD876241
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193707287|gb|FK644101.1|FK644101
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAGGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193651035|gb|FK598930.1|FK598930
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAGGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193362616|gb|FK327036.1|FK327036
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193310893|gb|FK277617.1|FK277617
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGT-AAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|207816115|gb|GD789182.1|GD789182
EST:     TCCACTTGGTGTACAAGGT-AAAAGGTTAGGATGGAAGGTGGTGAAGGGG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
genomic: TCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAA-GAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
EST: gi|193707345|gb|FK644159.1|FK644159
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAGGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|31458286|gb|CD400314.1|CD400314
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|208037417|gb|GD835318.1|GD835318
EST:     GGAAGGTGATGAAGAG                         T
genomic: GGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacag-
EST: gi|208037417|gb|GD835318.1|GD835318
EST:     GGAAGGTGATGAAGAG                         T
genomic: GGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacag-
EST: gi|213600126|gb|DB976043.1|DB976043
EST:     TCCACTTGGCT-AACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAAAGT-TTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
genomic: TCCACTTGG-TGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGC-AGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAA
EST: gi|208328230|gb|GE130060.1|GE130060
EST:     ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|214010067|gb|DB989439.1|DB989439
EST:     ACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
genomic: ACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAGGGTACAGGGTAGCTGTTGTCTTGCTTAAT
EST: gi|193555723|gb|FK513270.1|FK513270
EST:     TACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAG                         ATTTGGGCAGGTCCTCTTTCAAGGGTAACAAGGGTAAGCTGTTGTCTTGCT
genomic: TACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaa ... ttttggacagATTTGGGCAGGTCCTCTTTC-AGGGT-AC-AGGGT-AGCTGTTGTCTTGCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCCACTTGGTGTACAAGGTAAAAAGGTTAGGATGGAAGGTGATGAAGAGgttagttgaatttggaacacaacacatgattttgtctcttatgtcagatgaaacaatacattatcacagtcataggtgacccttttggacag

- - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA