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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATATTTGCAGTTTTAAAGAAAGGATACAATTCCAATGCAGAAACTCTAAAGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccctttgttcattgtaagcaattacgattttgaattgaatacattgtcaaaagcaataagttagtgacttaaaaattcatgaaatttagagtttgaagggaaattgaaatttttatgcaaaaattaacctgacttgtgatgaggaagttactggtttgatgttcacaactcattttgttactttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G11980.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207822576|gb|GD795659.1|GD795659
EST:     GAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAA
genomic: GAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAA-Ggtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAA
EST: gi|208341381|gb|GE139035.1|GE139035
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTG
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTG
EST: gi|207778584|gb|GD750603.1|GD750603
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAA
EST: gi|193325897|gb|FK291008.1|FK291008
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCCGAACAGCTTCCAACAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCC-GAACAGCTTCCAACAA
EST: gi|193408352|gb|FK371908.1|FK371908
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|207786519|gb|GD756588.1|GD756588
EST:     GCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAA
genomic: GCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTG-TTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAA
EST: gi|193680472|gb|FK624378.1|FK624378
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTG
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTG
EST: gi|208309982|gb|GE109752.1|GE109752
EST:     CCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: CCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|6848074|gb|AW350364.1|AW350364
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|193329328|gb|FK296538.1|FK296538
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|193357180|gb|FK321496.1|FK321496
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|58018254|gb|CX704996.1|CX704996
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|207764865|gb|GD738568.1|GD738568
EST:     CCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: CCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|193358146|gb|FK322742.1|FK322742
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|208153574|gb|GD951799.1|GD951799
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|208319482|gb|GE117633.1|GE117633
EST:     CCATTCAAAGCTAACCTTTAATCCTTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
genomic: CCATTCAAAGC-AACC-TTAATCC-TTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAACAAA
EST: gi|207811266|gb|GD783397.1|GD783397
EST:     AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAG                         GTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAA
genomic: AGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccct ... tactttacagGTGAGCCTTGTTAAAATTGTGCCCGATTTTCCCCGAACAGCTTCCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TATATTTGCAGTTTTAAAGAAAGGATACAATTCCAATGCAGAAACTCTAAAGAGGAAATTCAGTAAAGCCATTCAAAGCAACCTTAATCCTTTGTTTAAGgtatgaccctttgttcattgtaagcaattacgattttgaattgaatacattgtcaaaagcaataagttagtgacttaaaaattcatgaaatttagagtttgaagggaaattgaaatttttatgcaaaaattaacctgacttgtgatgaggaagttactggtttgatgttcacaactcattttgttactttacag

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