Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatggtttttgttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G22790.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: LOC_Os02g07490.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatt--tctgttcatgcggacctttaattg-----atatttttgaatggtt-tttgttgcag
|||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||  | ||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||  ||||  || ||     |   | |   |    ||  ||| ||  | |     ||  ||||     ||  || ||     || |||||| |||
GTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTTGTGTCATGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtgagtgtctatatttccattaaggggcttaactcttcatctttttttccaattgttctattgtcctaatgattctgttccattctttgtttcag

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G104632_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaat--tgatatttttgaatggtttttgttgcag
|||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||  | ||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| | || |  |   |   |||   ||   |  |||| |      |   |||||  |   || ||   |    || ||  | |  |||
GTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATTGGACTGAGCTCTTCCTTCATGAAGCTCGTGTCTTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtaggagttcgctactt---tgtttcgttgcgttatttgttgaagggtacaccttccacgctgctaagatcatttgtttgctttgacag

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G051004_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcatt------ttgtgtatgtagagtgcagaaat------ttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatg-gtttttgttgcag
|||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||  |||| ||  | ||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| | ||   ||      ||   |   |    ||  ||| |      ||||   ||       | ||  | | |  ||   |||     |   ||| | 
GTCAAGCATCTTTGATGCCAAGGCTGGTATCGGACTGAGCTCTTCTTTCATGAAGCTTGTGTCTTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtaagagtttgttacctatttaattgcatcatttgtcgaagtcaaaccttctacacacctaaggccttgttcggttattcccaatacacatggattggat

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv19s0085g00600.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatg-----------tgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctt--taat-tgatatttttgaatggtttttgttgcag----------
||||||||| |||||||| ||||| || || |  || |||||||||||  | ||||| ||| | ||||||||||| || ||||| ||||||||             | |   |||     |   | ||     ||   || |  | | | |    |  |||| ||||  |    ||||||| || | |             
GTCAAGTATATTTGATGCAAAGGCCGGGATAGGGCTGAGTGCTTCCTTCATGAAGCTCGTTGCATGGTATGACAACGAATGGGGATACAGgtacaacacggctctctctctctttctcacacacacagcatgcaagcctcagagcttccaggtggtgctaatgtgatgatacataatggttattttcggtttttcttacag

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: PP1S309_73V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgt---gtgcattttgtg-tatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaatt-gatatttttgaatggtttttgttgcag-------------
||| || ||||| ||||||||||| || |||||  | ||||     ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  |   ||| | | | || | |   |  |   | | |||  |    ||  |        |  ||| |  ||   |  |   |||||                
GTCGAGCATCTTCGATGCCAAGGCAGGAATTGCCTTGAGTGACAAGTTTGTCAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgtaattttggtgtaatctctggtgttgtggatcgtgtacttttgggcggtgtcggttacgggtaagatgtggttttgtcttgactgttgtgtgaatgttttgcag

upper sequence: GLYMA03G22790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: PP1S309_84V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcattttgtgtatg------tagagtgcagaaatttctgttcat----gcggacctttaattgatattt--ttgaatggtttttgttgcag----------------
||| || ||||| ||||| ||||| || |||||  | || |     || || ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||  || ||||| ||      | || ||   |  ||  ||  |||    | ||| ||      ||||| |  | |  | ||| |   |   |                
GTCGAGCATCTTCGATGCTAAGGCAGGAATTGCCTTGAGCGACAAGTTCGTGAAGTTGGTGTCGTGGTATGACAACGAGTGGGGCTACAGgta-atttgggttatgtgtttggctttttcgattgtgcatcttggtgggcatcgtggtggaactcggtaggatatatggtagtttcgttctgactatcgtgtgaatgtcttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151403747|gb|EV273557.1|EV273557
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|208123988|gb|GD925506.1|GD925506
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|17022180|gb|BM093214.1|BM093214
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|6914527|gb|AW396057.1|AW396057
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGGTGG-AGCTCAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGG-TGGGAGCTCAAA
EST: gi|15589578|gb|BI674194.1|BI674194
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCT
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCT
EST: gi|51334832|gb|CO978698.1|CO978698
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
EST: gi|22927146|gb|BU544285.1|BU544285
EST:     GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAG                         CAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA
genomic: GCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgc ... tttgttgcagCAACCGAGTATTGGACCTTATAGAGCACATGGCATTGGTGGGAGCTCAAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCAAGTATCTTTGATGCCAAGGCTGGCATTGCACTAAGTGCTTCCTTTGTTAAGCTGGTTTCGTGGTATGACAATGAGTGGGGTTACAGgtatgtgtgcattttgtgtatgtagagtgcagaaatttctgttcatgcggacctttaattgatatttttgaatggtttttgttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG