1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
GGAGAGTTTTGGTTATCTTGATGCACCGGTTGAGAGAATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattcttaaatattaattgttttctgtgactttgtcagcatgatttggaagatattttttcattattttgatccagaaatgtatttctattttga...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G46380.1 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193700259|gb|FK635868.1|FK635868
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|209708510|gb|BW668120.1|BW668120
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|7028855|gb|AW458638.1|AW458638
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCANATCTTGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193411760|gb|FK380323.1|FK380323
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|6846711|gb|AW349001.1|AW349001
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|11273897|gb|BF324286.1|BF324286
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAGATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTCGAAGATATTGGTTCG-GCTG-AAAGAEST: gi|19934724|gb|BQ079754.1|BQ079754
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTG-TTCGTGCTGCAAAGA
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|208341465|gb|GE136613.1|GE136613
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: TGTTCCCTATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193652206|gb|FK595908.1|FK595908
genomic: TGTTCCC-ATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|207787791|gb|GD761099.1|GD761099
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: TTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|22926912|gb|BU544051.1|BU544051
genomic: TTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193560542|gb|FK519779.1|FK519779
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193650375|gb|FK597220.1|FK597220
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193694384|gb|FK629528.1|FK629528
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|6454269|gb|AW184952.1|AW184952
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193519083|gb|FK475408.1|FK475408
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|193709570|gb|FK644214.1|FK644214
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCTEST: gi|207731222|gb|GD708879.1|GD708879
genomic: ATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
EST: CATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAG GTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
genomic: CATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattc ... ggatgtacagGTTGAAGATATTGTTCGTGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCTGTGCCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGAGAGTTTTGGTTATCTTGATGCACCGGTTGAGAGAATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCATATGCAGCAAATCTGGAAAGAATGGCTGTCCCACAGgtaatgattcttaaatattaattgttttctgtgactttgtcagcatgatttggaagatattttttcattattttgatccagaaatgtatttctattttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA