Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   
14  
 5'  3'   
15  
 5'  3'   
16  
 5'  3'   
17  
 5'  3'   
18  
 5'  3'   
19  
 5'  3'   
20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGATGAACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCAAATCGTGCAAATTTCATATATAAACGAGgtatctttgatgatataagttggctttgcatgcctaacattatgttttatctcaaatttataggatggttcttttcattgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G41140.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G41140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
lower sequence: Vv02s0012g00460.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
ATTGGTACTTACAAAGATGTTGATGGTTCTGATGAACATCTTTGCATTCCTTGTCCTCTTGATCTTCTTCCAAATCGTGCAAATTTCATATATAAACGAGgtatctttgatgatataagttggctttgcatgcctaacattatg--ttttatctcaaatttataggatg----gttcttttcattgcag-------------------
|||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||| || || ||| |||| |||||| ||||||| | ||| | | || | | || || || | | ||| || || | || | || | | || ||
GTTGGCACTTACAAAGATGTTGATGGCTCTGATGTACATCTTTGCGCTCCTTGCTCTCTTGACCTTCTTCCCAACCGGGCAGATTTTATATATGTGCGAGgtaattctgacggttgcgctttaatatatgtggtagtatttctggtctctttctttaactttttggttcttttgtccctcatcttacaagagggtgcccacactgcag