Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATCCCCGTATGCCATGGCACGATGTCCATTGTGCTCTTTGGGGACCTCCCTGTCGTGACATTGCTCGGCACTTTGTTCAACGTTGGAACCATGCTAAGgtatacaaaatgatgttatttcatcttaaacgttttattattattttcttcatcctatcttacatggtgaagcatatcatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38200.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38200.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT3G05630.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GTATCCCCGTATGCCATGGCACGATGTCCATTGTGCTCTTTGGGGACCTCCCTGTCGTGACATTGCTCGGCACTTTGTTCAACGTTGGAACCATGCTAAGgtatacaaaatgatgttatttcatcttaaacgttttattattattttcttcatcctatcttacatggtgaagcatatcatag
||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||  | ||||| || ||||| || || ||||||||  |||||||| | | | |   ||  ||| |   |   | |||    || ||  |  | ||  ||| |||     ||    |||| |   
GTACCCGCGAATGCCGTGGCACGATGTCCACTGCGCTCTATGGGGACCGCCTTGTCGGGATGTGGCTCGACATTTTGTCCAGCGGTGGAACCACTCTAAGgtagagagatttcagt--ttttagtgtttgcatttggaaatcatggttctgata-tattttagtctttgt--tatattag--