Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35370.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os02g18820.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
 || ||||| || || || || ||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||   | ||||| || || |||||||| || ||||||     | ||     ||| ||||     |  ||  | ||   ||  ||| | ||  |  ||||  |  | | | |  | |||||||  |       
GGACATGGAGCTGGTAAGAGTTCTTCCTAGTGCTGAAGATGAAGTAAACGTTGCATGCTTTCATCCTTCCCCTGGAGGTGGTCTTGTTTATGGGACCAAGgtaaa---tagcaaattagatcaatca---acagtaca-caacatatatttgctttgct--aattcatgcactcaca--catttgcatcag-------

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G353548_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtg----ttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || || |||||||| || |||||  |  |    ||  |    | || ||   ||||||||  |   ||   |||| |  |    | |||||| ||                            
AGATATGGAGCTTGTGAGAGTGCTTCCTAGTGCCGAAGATGAAGTCAATGTTGCATGCTTTCATCCTTTACCAGGAGGTGGCCTTGTTTATGGGACTAAGgtgggtagcaaattattcaataaacaaa-aaggtatggtggattgctaatgcttaaattgtggtgaattatatag---------------------------

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G353548_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 13
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatg----gtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || || |||||||| || |||||  |       ||  |    | || ||   ||||||||  |   ||   |||| |  |    | |||||| ||                            
AGATATGGAGCTTGTGAGAGTGCTTCCTAGTGCCGAAGATGAAGTCAATGTTGCATGCTTTCATCCTTTACCAGGAGGTGGCCTTGTTTATGGGACTAAGgtgggtagcaaattattcaataaacaaa-aaggtatggtggattgctaatgcttaaattgtggtgaattatataggaag-----------------------

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: GRMZM2G007229_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgt----atggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||   | ||||| || || |||||||| || |||||    |      |  |    | || || | |||||||   |   ||   |||||   |    | || ||| ||                            
AGATATGGAGCTTGTGAGAGTGCTTCCTAGCGCTGAAGATGAAGTTAATGTTGCATGCTTTCATCCTTCACCAGGAGGTGGCCTTGTTTATGGCACTAAGgtcggtagaaaactattcaataaacaaa-gaggtatggcggattgctaaggctttcattctggtgaactatatag---------------------------

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT1G04140.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
|||||||||||| || || || ||||| ||  |||| ||||| || ||||| || ||||||||||||| | | || ||||| || || |||||||||||||||   |  | ||     |     ||    |    |  || ||  |   ||   || | |  || ||||  |  ||| |  | |              
AGATATGGAACTGGTGAGAGTACTTCCAAGCTCAGAGGATGAAGTTAATGTTGCTTGCTTTCATCCTTCTCCTGGGGGAGGTCTTGTCTATGGAACAAAGgta-attaatcctaaatcgtaatgtgaaaaacttctcggcgctaaaatgttgacttgtattgat-atttgctcaatatttatctcag-----------

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv07s0005g04630.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatctttt--gcatgtgattttag-------------------------------
|||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | |||||||| || || |||||||| ||||| |     || |   | |          | |   ||   | ||   || | | | | | ||||    ||||   |||| ||||  || | |    |||                                
AGATATGGAACTTGTTAGAGTGCTTCCCAGTGCTGAAGATGAGGTCAATGTAGCTTGCTTTCATCCTTTACCTGGAGGAGGTCTTGTGTATGGAACCAAGgtgtacatctgata--ccgtttggaaatatttttatttttatttgttctcttcttcaataaaatagaataat-attaattttttcagcttatatccttacttctgtgtaattcttttgctgaaaattgcag

upper sequence: GLYMA19G35370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: PP1S150_95V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 12
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgt---tgctgggcagaccaatggggta-tggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag
||||||||| ||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||    |  || || || || |  ||||||||||||||  | |||   | ||  |     |||    ||| |   ||| ||| || |    |   |  ||   ||| |  ||| ||  | |          |||||  
AGATATGGAGCTTGTGAGGGTATTACCTAGTGCTGAAGATGAGGTGAATGTGGCGTGCTTTCATCCCCAAGTTGGTGGTGGTCTTGCATATGGAACAAAGgtgagttgtgattcctctgtttttcaagccagtaataagttatcacatt-gtaggagtctccttttgttagtagatttattgtttaagctggaatattttg-

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151398183|gb|EV268061.1|EV268061
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|22928249|gb|BU545388.1|BU545388
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|207737038|gb|GD711881.1|GD711881
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|15001188|gb|BI322002.1|BI322002
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|27446387|gb|CA953510.1|CA953510
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|193557128|gb|FK512771.1|FK512771
EST:     AGTTTATGG-ACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: AGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|15203207|gb|BI425975.1|BI425975
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|12690329|gb|BG156665.1|BG156665
EST:     TGGCATGCTCTCATCCTTTTGCCGGACGAGGACTAGTTTATGGAACAAAT                         GAATGAAAGCTTACGGTCCTGCAGTATGACGGTGCT
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCT
EST: gi|21676372|gb|BQ628723.1|BQ628723
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
EST: gi|16348103|gb|BI973698.1|BI973698
EST:     TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAG                         GAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC
genomic: TGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgtt ... gtgattttagGAAGGAAAGCTTAGGGTCCTCCAGTATGACGGTGCTCATGCAGTGAATGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGATATGGAACTTGTTAGGGTGCTTCCTAGTGCAGAAGATGAGGTCAATGTGGCATGCTTTCATCCTTTTGCCGGAGGAGGACTAGTTTATGGAACAAAGgtatggtgttgctgggcagaccaatggggtatggtttagcactttagctttacattatttaaattatttaattgataatcttttgcatgtgattttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA