Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGACAAAGGTTTTGGGTTTGTGAGATACAGTACCCATGCTGAAGCAGCTCTTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgttaatagcaagatatttatatgttgataattctagtatgttgtgtgtcatattattgtagcagtgtaatatttatggctgttcgtatggaag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G05530.4
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G05530.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv11s0016g00700.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
AGACAAAGGTTTTGGGTTTGTGAGATACAGTACCCATGCTGAAGCAGCTCTTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgttaatagcaagatatttatatgttgataattctagtatgttgtgtgtcatattattgtagcagtgtaatatttatggct-gttcgtatggaag
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| || |||||   || |||  |   |     |||  |  |  |  ||    |  | | | | || ||||     |       || | |  ||  |  | | |    || 
AGATAAAGGCTTTGGTTTTGTGAGATACAGTACCCATGCTGAAGCAGCTCTGGCTATTCAGATGGGAAATGCTCGGATTCTCTGTGGCAAACCAATTAAGgttcattcttatgaaagattaccttacttcctactccttgccctgagat-tttttcttattcagaaatgcccccaaaactcttgctttatacttcccaaaa
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10709102|gb|BF008826.1|BF008826
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|163922870|gb|EH038800.1|EH038800
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|208340264|gb|GE137002.1|GE137002
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|15285660|gb|BI469551.1|BI469551
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTC
EST: gi|163921601|gb|EH038699.1|EH038699
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|6454389|gb|AW185072.1|AW185072
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTTATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|13312169|gb|BG405829.1|BG405829
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193493686|gb|FK458868.1|FK458868
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTNTCAAG                         TGTTCATGGGGTA
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTA
EST: gi|7925242|gb|AW831268.1|AW831268
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATATGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCATGGACTGCCTTCA-CTCCTCT
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCT-CAACTCCTCT
EST: gi|26058248|gb|CA801162.1|CA801162
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|7145644|gb|AW507566.1|AW507566
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|9563980|gb|BE473489.1|BE473489
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|6072359|gb|AW101746.1|AW101746
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193363138|gb|FK326172.1|FK326172
EST:     TGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCTAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGC-AAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|24136117|gb|BU926627.1|BU926627
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193488603|gb|FK453584.1|FK453584
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTA
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTA
EST: gi|193481928|gb|FK445255.1|FK445255
EST:     GGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: GGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|208091580|gb|GD887931.1|GD887931
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193362201|gb|FK326551.1|FK326551
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|208309506|gb|GE103368.1|GE103368
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGA
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGA
EST: gi|208189187|gb|GD984403.1|GD984403
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAG
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAG
EST: gi|208222903|gb|GE021264.1|GE021264
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGNTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193653976|gb|FK596964.1|FK596964
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAA
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAA
EST: gi|21639150|gb|BM140196.1|BM140196
EST:     TGCTCGAATTTTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGGACTGCCTCAACTCCTCT
genomic: TGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCA-GGGACTGCCTCAACTCCTCT
EST: gi|21637806|gb|BM107961.1|BM107961
EST:     TTGCTATACAGATGGGTWATGCTCNAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|209720965|gb|BW682444.1|BW682444
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|193436032|gb|FK401148.1|FK401148
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
EST: gi|19053974|gb|BM732641.1|BM732641
EST:     TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAG                         TGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC
genomic: TTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgtt ... tatatttcagTGTTCATGGGGTAGCAAGCCTACTCCTCCAGGGACTGCCTCAACTCCTCTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGACAAAGGTTTTGGGTTTGTGAGATACAGTACCCATGCTGAAGCAGCTCTTGCTATACAGATGGGTAATGCTCGAATTCTATTTGGCAAACCTATCAAGgtatgttgttaatagcaagatatttatatgttgataattctagtatgttgtgtgtcatattattgtagcagtgtaatatttatggctgttcgtatggaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG