1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGGTGCTCTTGGGGCAAGGCTTACTGGAGCTGGATGGGGTGGTTGTGCTGTTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatcatattatatttgacattcctaattaatcgttggagatttggagctaacaagttgtcaatgctgaactttacatccaatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G03990.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|214007370|gb|DB986250.1|DB986250
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|213606347|gb|DB976508.1|DB976508
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|7926145|gb|AW832171.1|AW832171
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|254317534|gb|GR826518.1|GR826518
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|14205721|gb|BG839399.1|BG839399
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|41145398|gb|CK605609.1|CK605609
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|14205748|gb|BG839426.1|BG839426
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|58019629|gb|CX706371.1|CX706371
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|21601505|gb|BQ611836.1|BQ611836
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATTCTT-ATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|26048836|gb|CA785289.1|CA785289
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|209712398|gb|BW671250.1|BW671250
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|254317533|gb|GR826517.1|GR826517
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|58019308|gb|CX706050.1|CX706050
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|208168633|gb|GD968707.1|GD968707
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACTAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|6747837|gb|AW318293.1|AW318293
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: AGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|13789489|gb|BG652080.1|BG652080
genomic: AGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGATEST: gi|209699971|gb|BW661200.1|BW661200
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
EST: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAG GAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
genomic: TTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatc ... tccaatgcagGAATGTTTCTACCAGTCTAGAATAGACAAGGGCGTTATTAAGAAGAACGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGTGCTCTTGGGGCAAGGCTTACTGGAGCTGGATGGGGTGGTTGTGCTGTTGCTTTGGTGAAAGAGAGCATAGTTCCACAATTTATCCTTAATTTGAAGgtttgctatcatattatatttgacattcctaattaatcgttggagatttggagctaacaagttgtcaatgctgaactttacatccaatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG