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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACATTTTGGCACCAGGTGCTGCTGATCCCCGTGGCCAATGGCGTGAATGCAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacatttctggtcctaataactagcgtcacactgaaacttgcttattcctaaactctaggacttctgctaggcttctaaccaacctcctaaagctgt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17190.3
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58019735|gb|CX706477.1|CX706477
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|151410996|gb|EV280811.1|EV280811
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|208107570|gb|GD906085.1|GD906085
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|9440072|gb|BE440583.1|BE440583
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|208040868|gb|GD843361.1|GD843361
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAATGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|15814583|gb|BI786858.1|BI786858
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|8669044|gb|BE190146.1|BE190146
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|151403120|gb|EV272930.1|EV272930
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|58019984|gb|CX706726.1|CX706726
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|15663740|gb|BI701111.1|BI701111
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|58014637|gb|CX701379.1|CX701379
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|31460697|gb|CD402725.1|CD402725
EST:     ATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: ATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|15814521|gb|BI786796.1|BI786796
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|58022806|gb|CX709547.1|CX709547
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|214009011|gb|DB987090.1|DB987090
EST:     CTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTTTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|23729995|gb|BU763106.1|BU763106
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
EST: gi|31467378|gb|CD409406.1|CD409406
EST:     CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAG                         GATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT
genomic: CAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacattt ... atgatttcagGATTCAGGACAGATTTCTTAAGGGCATTTAGTGTGGTTGGCAACGCCGCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AACATTTTGGCACCAGGTGCTGCTGATCCCCGTGGCCAATGGCGTGAATGCAAGCTTGATATCAAAAACTGCTCACCTAATCAACTCAGTGTAATGCAAGgtggacatttctggtcctaataactagcgtcacactgaaacttgcttattcctaaactctaggacttctgctaggcttctaaccaacctcctaaagctgt

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