Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAGTGGCAGTAATGGTGACACTTCCTCTGCAAATGAATTGAATTTGAGACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttactttttctcaagctaaagctttaatcagtcctttttttccctgaggaagttaattgtccacttgagcactgtttttagctggggaaatcatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G40320.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193488910|gb|FK453275.1|FK453275
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208273304|gb|GE066684.1|GE066684
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTG
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTG
EST: gi|193575154|gb|FK530727.1|FK530727
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAAGG
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTA-GG
EST: gi|193313594|gb|FK280445.1|FK280445
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208123776|gb|GD922396.1|GD922396
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAATAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208144873|gb|GD940776.1|GD940776
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208316704|gb|GE115360.1|GE115360
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208108927|gb|GD907639.1|GD907639
EST:     AGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: AGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|207800362|gb|GD773715.1|GD773715
EST:     GCCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|193463411|gb|FK425599.1|FK425599
EST:     GAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: GAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|193439784|gb|FK407625.1|FK407625
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
EST: gi|208231539|gb|GE029444.1|GE029444
EST:     ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTG                         CTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC
genomic: ACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttact ... acatatgcagCTCCTTTGCTTCTTGGTGTGAATGATGTTAGACCTGACAAGGCAAGTAGGC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCCAGTGGCAGTAATGGTGACACTTCCTCTGCAAATGAATTGAATTTGAGACCACAAATTACACCCAGAGAAGATGCCAGAGATTCTTTGACAGATGCTGgtttgttactttttctcaagctaaagctttaatcagtcctttttttccctgaggaagttaattgtccacttgagcactgtttttagctggggaaatcatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG