1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAAGAATTGCTAAATGCTGCTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgctataatgtattttttcctttttttttttgaaaaactgcagtcatgatcacctaaaatctattaaattgaggtatttgcctgacttattctt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G04460.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193432352|gb|FK394738.1|FK394738
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|208244936|gb|GE039859.1|GE039859
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|57575734|gb|CX548709.1|CX548709
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|31471098|gb|CD413126.1|CD413126
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193429824|gb|FK395514.1|FK395514
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|16344852|gb|BI970447.1|BI970447
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|208329459|gb|GE132549.1|GE132549
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTAEST: gi|208198604|gb|GD998453.1|GD998453
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTA
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193457416|gb|FK423182.1|FK423182
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: GTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|208054934|gb|GD852307.1|GD852307
genomic: GTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: TTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193388900|gb|FK355773.1|FK355773
genomic: TTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|208051167|gb|GD849022.1|GD849022
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|42722969|gb|CK768868.1|CK768868
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193435834|gb|FK399438.1|FK399438
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTAACATTGAEST: gi|208272259|gb|GE067473.1|GE067473
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTA-CATTGA
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGEST: gi|208144025|gb|GD943728.1|GD943728
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAG
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGCTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|193442232|gb|FK406069.1|FK406069
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|57575553|gb|CX548528.1|CX548528
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGATEST: gi|207779981|gb|GD753456.1|GD753456
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
EST: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAGAAG GCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
genomic: CTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgct ... tgttcaatagGCTCTTTATGAAGCACTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAAGAATTGCTAAATGCTGCTGTATGTCGGGTGGATGCTTTGGAAGCAGAGTTAATTGCAACTAAAAAGgtaggatgctataatgtattttttcctttttttttttgaaaaactgcagtcatgatcacctaaaatctattaaattgaggtatttgcctgacttattctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG