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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGCGAGAGAGCATGGAAGATGGGACGGATGCCCTAATACATTTGGTGAATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttacatattttccagatagagctgcttgattaagttaaagttgaactacatacggatatttcattaaaaaaaaacacaaatgagtttgctgtgtctgagacacctttgtaggtcttgagctgtaactcagtacgttcgtaaatgataaaaatcgtaaaacaatgacgtactcatttgacgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G03420.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192297555|gb|FG992723.1|FG992723
EST:     ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAT                         ATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
genomic: ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttac ... tttgacgcagATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
EST: gi|9259271|gb|BE347479.1|BE347479
EST:     ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAG                         ATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
genomic: ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttac ... tttgacgcagATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
EST: gi|8286130|gb|BE023689.1|BE023689
EST:     ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAG                         ATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
genomic: ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttac ... tttgacgcagATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
EST: gi|6951577|gb|AW423645.1|AW423645
EST:     ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAG                         ATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
genomic: ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttac ... tttgacgcagATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
EST: gi|9985287|gb|BE659395.1|BE659395
EST:     ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAG                         ATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG
genomic: ATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttac ... tttgacgcagATAATGATCGTGATGGTTTATCTTTAATATTGTTGCATGGGGATATATCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAAGCGAGAGAGCATGGAAGATGGGACGGATGCCCTAATACATTTGGTGAATTTAATGAAGACTCTACCGATCCGTTAGGTGCATCTTAATTTGGTTCAGgtaaccttacatattttccagatagagctgcttgattaagttaaagttgaactacatacggatatttcattaaaaaaaaacacaaatgagtttgctgtgtctgagacacctttgtaggtcttgagctgtaactcagtacgttcgtaaatgataaaaatcgtaaaacaatgacgtactcatttgacgcag

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