Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGAAGCAAAATACTGTGACTCGAGATAAAAAAGAAACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataactctggctttttttagtgctgtttgtattattctcagaggtcattttttatgtttttcaaaactcttgatataataattcgtctaagttgct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35560.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv13s0019g04190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AAGAAGCAAAATACTGTGACTCGAGATAAAAAAGAAACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataactc--tggctttttttagt-gctgtttgtattattctcagaggtcattttttatgtttttcaaaactcttgatataataattcgtctaagttgct
||||| ||  | ||||| ||| |||||||| |||| |||||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |  ||   ||    || |||     |   ||     | ||| | | |   ||  | |    ||   ||   |     | ||  ||  || | |||   
AAGAAACAGCACACTGTTACTAGAGATAAACAAGAGACAGAGCTAATAGCTCGTGGCCGCCATGATCCATGTGTTGTTCCACGAGgtttgtttctaaatgatgattcttatccattaactgagccttcctctgtgtttgattagttttcacttgttaatgatgccctttattttttatccatgtt---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23051015|gb|BU577049.1|BU577049
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|120532705|gb|EH260838.1|EH260838
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|208257194|gb|GE050897.1|GE050897
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGG
EST: gi|9565502|gb|BE475011.1|BE475011
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|10843361|gb|BF066663.1|BF066663
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTNGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGT
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGT
EST: gi|254333630|gb|GR848548.1|GR848548
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCGAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|33387796|gb|CA851003.1|CA851003
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|208247306|gb|GE048950.1|GE048950
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGG
EST: gi|192313027|gb|FK003665.1|FK003665
EST:     GCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: GCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|254335192|gb|GR846689.1|GR846689
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|16277466|gb|BI942396.1|BI942396
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATGGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|254325998|gb|GR838879.1|GR838879
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|19053065|gb|BM731732.1|BM731732
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|19268860|gb|BM885116.1|BM885116
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|16282970|gb|BI945300.1|BI945300
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTACGCTT-GGCTCTTGTGGACCAATTG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTA-GCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTG
EST: gi|193667765|gb|FK610185.1|FK610185
EST:     AACAGAG-TTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|207808737|gb|GD776748.1|GD776748
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAG
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAG
EST: gi|10254609|gb|BE822375.1|BE822375
EST:     NNNAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
EST: gi|7691321|gb|AW759514.1|AW759514
EST:     AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAG                         CTGTACCTATGGTAGAAGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA
genomic: AACAGAGTTTATAGCCCGTGGTCGCCATGATCCTTGTGTTGTCCCAAGAGgttaataact ... tggcttgcagCTGTACCTATGGTAGAGGCAATGGTAGCTTTGGTTCTTGTGGACCAATTGA