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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATTGGACATTGACCCAACAACTTGCTCACCATACAATCAACGGTTGCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattccatattttgcgcagtctaactttttgattcctgtttgttcgttctctttgagggaattctcccttttcaactgatcaactaatttcagttaaaatatgtgcttttcactgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G01270.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G01270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv00s0187g00340.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
ATATTGGACATTGACCCAACAACTTGCTCACCATACAATCAACGGTTGCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattccatattttgcgcagtctaactttttgat--tcctgtttgttcgttctctttgagggaattctcccttttcaactgat-caactaatttcagttaaaatatgtgcttttcac-tgtag----------------
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ATATTGGACACTGACTCAACAACTTGCACACCATACAATCAATGGTTGCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttctttttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacacag

upper sequence: GLYMA09G01270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv00s0187g00300.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
ATATTGGACATTGACCCAACAACTTGCTCACCATACAATCAACGGTTGCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattccatattttgcgcagtctaactttttgat--tcctgtttgttcgttctctttgagggaattctcccttttcaactgat-caactaatttcagttaaaatatgtgcttttcac-tgtag----------------
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ATATTGGACACTGACTCAACAACTTGCACACCATACAATCAATGGTTGCAACTTAAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGAACCATAAGTGGACCTgtatgatttaaatttgtttataggaagatgtcgtagtgctcttgttctaccttcattttttaatgcagcacatagcttaaatagttgtaaatgtttcttggatatttttctgaagttcacctgccacattaatttcacacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193560435|gb|FK517194.1|FK517194
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|298195581|gb|HO043972.1|HO043972
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193628042|gb|FK572708.1|FK572708
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208170378|gb|GD968857.1|GD968857
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|15202674|gb|BI425525.1|BI425525
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208157945|gb|GD957810.1|GD957810
EST:     GGCCGGGCGATCTTCCTTTGGTAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGT-CCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATC-TCC-TTGG-AACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193421161|gb|FK391378.1|FK391378
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCCTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|14011019|gb|BG725941.1|BG725941
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|207839569|gb|GD811750.1|GD811750
EST:     CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193676085|gb|FK620071.1|FK620071
EST:     GGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|207848848|gb|GD818879.1|GD818879
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|7693176|gb|AW761273.1|AW761273
EST:     AGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: AGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208300214|gb|GE098901.1|GE098901
EST:     GGCCGGGCGATCTTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATC-TCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|7232656|gb|AW568010.1|AW568010
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208028953|gb|GD829189.1|GD829189
EST:     CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|7232634|gb|AW567988.1|AW567988
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193414084|gb|FK376118.1|FK376118
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACTAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGAC-AGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193576429|gb|FK530796.1|FK530796
EST:     CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|298184616|gb|HO029829.1|HO029829
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|10847964|gb|BF071656.1|BF071656
EST:     GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GCAACCTTAGGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208178383|gb|GD978336.1|GD978336
EST:     CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|31464504|gb|CD406532.1|CD406532
EST:     CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: CGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208158655|gb|GD956056.1|GD956056
EST:     GGCCGGGCGATCTTCCTTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATC-TCC-TTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|193381620|gb|FK347057.1|FK347057
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
EST: gi|208301747|gb|GE098977.1|GE098977
EST:     GGCCGGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCT                         GAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC
genomic: GGCCAGGCGATCTCCTTGGAACTGGGACAGTTAGTGGTCCTgtaagattcc ... ttcactgtagGAGCCAGAGTCCCGTGCATGCTTGCTAGAATTAACATGGAATGGACAAAAC