Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGTGCATTGCATCCTTTGCGCCTTACTTTTAGAGCAGCAAATGGTGGAACTTGTAAAATCATATTTAAAAAGGGCGACGATATTCGGCAGGACCAGTTGgtattccaaccaatccttcttctgtcaccctgttatgcatgcaaatgaatacctgtacacatgtgcattgatgcaccgaaaaacacatgcctgtccatgtgctcacacacacacactcctgatggatatttagaagacatgagttcaattacataaatgttggtcttatgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G10090.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G10090.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv01s0127g00430.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AAGTGCATTGCATCCTTTGCGCCTTACTTTTAGAGCAGCAAATGGTGGAACTTGTAAAATCATATTTAAAAAGGGCGACGATATTCGGCAGGACCAGTTGgtattccaaccaatccttcttctgtcaccctgttatgcatgcaaatgaatacctgtacacatgtgcattgatgcaccgaaaaacacatgcctgtccatgtgctcacacacacacactcctgatggatatttagaagacatgagttcaattacataaatgttggtcttatgtag
 |||||  |||||||||| ||||| |||||  || |||||| |||||||| ||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||      | || | ||  |||  ||  |    |  |     | || |     | | | || |   | ||      | |||     ||  | |  || || ||    |                                                                
GAGTGCTCTGCATCCTTTACGCCTGACTTTCCGAACAGCAAGTGGTGGAAGTTGCAAGATCATATTTAAGAAGGGGGATGATATTCGACAAGACCAATTGgtaaat--gctaagcattaatctcacatgc----aaactccagattggactaacgga-atatttttttagagaggatgtaaactggctgtatattgatatgttcttttag---------------------------------------------------------------