Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgttatattaattatgctgtcatgccaattctctatatatttatggggtacatgtgtaaagcattgagatatatccatttattctttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G01260.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G01260.2 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT4G39170.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgttatattaattatgctgtcatgccaattctctatatatttatggggtacatgtgtaaagcattgagatatatccatttattctttt
 || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| ||||| || || ||  | ||||||||| | || || ||||| ||||||   ||  ||   | | | ||  ||     |   ||||   |  |       | |    || |     ||  | ||   | | |   || |  |    
GTCAAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAACTGCTTAATGCAGCTGTCTGCCGTGTAGACGCCCTTGAAGCTGAGCTCATAGCCACTAAGAAGgtaac-tgaataccatgt-tcaacaattgaaacccaccaaaattagaacctgagacgtttcacgttctctaaaaactg---tttgttatttgaagcag--

upper sequence: GLYMA06G01260.2 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv03s0038g04470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgttatattaattatgctgtca-tgccaattctctatatatttatggggtacatgtgtaaagcattgagatatatccatttattctttt-
| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||    |||| ||||     |    |  || || ||     | | || ||  |       || | |  ||| ||     | | |  || ||  ||   
AGCAAAACCATCAGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGCTGAATGCTGCTGTATGCCGTGTTGATGCCCTAGAAGCTGAGTTAATTGCTACCAAAAAGgtatgaaatctatggtataagttgttcatttccactgacagaagccca-atcttggtcataataatctttctagc-ttccttcacaccatttcatgattaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209723880|gb|BW675226.1|BW675226
EST:     GTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|298198144|gb|HO039683.1|HO039683
EST:     CTGCATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAG
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAG
EST: gi|214005189|gb|DB985493.1|DB985493
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193384250|gb|FK349304.1|FK349304
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208255826|gb|GE052805.1|GE052805
EST:     GCCGGGCGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209697051|gb|BW667041.1|BW667041
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207786644|gb|GD757917.1|GD757917
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTTGGTAAGTCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-C-TTTGG-AAG-CTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193443534|gb|FK404674.1|FK404674
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208130170|gb|GD926725.1|GD926725
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193618453|gb|FK572563.1|FK572563
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|57575650|gb|CX548625.1|CX548625
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193327758|gb|FK296383.1|FK296383
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-CTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193431457|gb|FK396083.1|FK396083
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTTGGTAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-C-TTTGG-AAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|254335757|gb|GR847285.1|GR847285
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193472879|gb|FK438316.1|FK438316
EST:     AGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: AGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193339589|gb|FK304866.1|FK304866
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGC-TTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208282493|gb|GE074249.1|GE074249
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|254335758|gb|GR847286.1|GR847286
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193679873|gb|FK621945.1|FK621945
EST:     GCCGGGTGGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGT-GGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193391557|gb|FK354146.1|FK354146
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193440534|gb|FK405491.1|FK405491
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208239470|gb|GE041342.1|GE041342
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208209242|gb|GE005122.1|GE005122
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208102898|gb|GD900888.1|GD900888
EST:     AGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: AGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgttatattaattatgctgtcatgccaattctctatatatttatggggtacatgtgtaaagcattgagatatatccatttattctttt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA