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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgttatgccttggttaccacttgtttccatttcttgaattaatttgtaagccacaaatagtgactgagattgttccacaatagtactgtatttta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.2
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgttatgccttggttaccacttgtttccatttcttgaattaatttgtaagccacaaatagtgactgagattgttccacaatagtactgtatttta----
||||||||||| || || || |||||||| |||||    || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    ||    ||  || ||| || |     | || |   | |  |||| | ||||  || |    |   ||||||      |  | || || | |     
AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAGgtaaaaactaattatt--ttgcca-ttatgattttgtcattgttgaggttgtgacccactcattgct-ttagtattgttattgtctgctgctataatctttttt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193433628|gb|FK400578.1|FK400578
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAG
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EST: gi|6726021|gb|AW310420.1|AW310420
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|208168059|gb|GD966439.1|GD966439
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCT
EST: gi|193307543|gb|FK270599.1|FK270599
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|207699423|gb|GD680849.1|GD680849
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208118442|gb|GD919175.1|GD919175
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGC
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EST: gi|208132326|gb|GD929867.1|GD929867
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208133850|gb|GD929599.1|GD929599
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|192322507|gb|FK014628.1|FK014628
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193573284|gb|FK531953.1|FK531953
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208154590|gb|GD956707.1|GD956707
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EST: gi|193619263|gb|FK571691.1|FK571691
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EST: gi|208116654|gb|GD917176.1|GD917176
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EST: gi|193512404|gb|FK467250.1|FK467250
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208048409|gb|GD844862.1|GD844862
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTG
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EST: gi|24136236|gb|BU926746.1|BU926746
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207719530|gb|GD703485.1|GD703485
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193698043|gb|FK640654.1|FK640654
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193584436|gb|FK543272.1|FK543272
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193616717|gb|FK568293.1|FK568293
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207751924|gb|GD724449.1|GD724449
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207696786|gb|GD676473.1|GD676473
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EST: gi|208213838|gb|GE011007.1|GE011007
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208120670|gb|GD917469.1|GD917469
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EST: gi|207767279|gb|GD740587.1|GD740587
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EST: gi|208080503|gb|GD873205.1|GD873205
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EST: gi|193400512|gb|FK369665.1|FK369665
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EST: gi|193467265|gb|FK434366.1|FK434366
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EST: gi|208066521|gb|GD866040.1|GD866040
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EST: gi|208270827|gb|GE066559.1|GE066559
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EST: gi|193452929|gb|FK420301.1|FK420301
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EST: gi|208204941|gb|GE002818.1|GE002818
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EST: gi|193537018|gb|FK497930.1|FK497930
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|207717676|gb|GD697764.1|GD697764
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCT
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EST: gi|193528777|gb|FK483565.1|FK483565
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EST: gi|208262795|gb|GE061963.1|GE061963
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EST: gi|21678120|gb|BQ630462.1|BQ630462
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|254345204|gb|GR855754.1|GR855754
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208135150|gb|GD934427.1|GD934427
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGAT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGAT
EST: gi|193647102|gb|FK593127.1|FK593127
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
EST: gi|14989997|gb|BI315670.1|BI315670
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGAT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGAT
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