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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgttatgccttggttaccacttgtttccatttcttgaattaatttgtaagccacaaatagtgactgagattgttccacaatagtactgtatttta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
AGTTATGATGCTACTACTCACTTTGAGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgttatgccttggttaccacttgtttccatttcttgaattaatttgtaagccacaaatagtgactgagattgttccacaatagtactgtatttta----
||||||||||| || || || |||||||| |||||    || || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||    ||    ||  || ||| || |     | || |   | |  |||| | ||||  || |    |   ||||||      |  | || || | |     
AGTTATGATGCCACAACACATTTTGAGTCAACTGTCATGGATGTGCTCAACATGTATACCATGATAACTGGAAAGgtaaaaactaattatt--ttgcca-ttatgattttgtcattgttgaggttgtgacccactcattgct-ttagtattgttattgtctgctgctataatctttttt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193443835|gb|FK408839.1|FK408839
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGCGGATCTTAGTGCTGCT
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EST: gi|193529148|gb|FK484339.1|FK484339
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTA-GTGCTGCTAGTG
EST: gi|193352024|gb|FK318811.1|FK318811
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|208262795|gb|GE061963.1|GE061963
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTG
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EST: gi|208207248|gb|GE007113.1|GE007113
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTNACCTCAGT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGT
EST: gi|193673555|gb|FK617780.1|FK617780
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTAGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193376982|gb|FK340617.1|FK340617
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCT
EST: gi|193444825|gb|FK407589.1|FK407589
EST:     AGTCGACTGTGGTTGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGG
EST: gi|193619263|gb|FK571691.1|FK571691
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193472513|gb|FK434898.1|FK434898
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTAAGCAGAAGAGT
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EST: gi|7589233|gb|AW705011.1|AW705011
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|193344044|gb|FK311958.1|FK311958
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EST: gi|208144426|gb|GD942177.1|GD942177
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGCGTGGATCT
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EST: gi|208323909|gb|GE120086.1|GE120086
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|207762565|gb|GD731676.1|GD731676
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAGCATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTG
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EST: gi|207716888|gb|GD698586.1|GD698586
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EST: gi|193541758|gb|FK497116.1|FK497116
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193323541|gb|FK289175.1|FK289175
EST:     GTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTA
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EST: gi|193682554|gb|FK623344.1|FK623344
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|7233927|gb|AW569269.1|AW569269
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCT
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EST: gi|193662887|gb|FK604879.1|FK604879
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EST: gi|208286207|gb|GE086433.1|GE086433
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GGTTATTGACCTC
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EST: gi|193581111|gb|FK535450.1|FK535450
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGA
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EST: gi|193571994|gb|FK529151.1|FK529151
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EST: gi|193519512|gb|FK473597.1|FK473597
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTGCTGCAGAAGAGTAA
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EST: gi|208133850|gb|GD929599.1|GD929599
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EST: gi|193696194|gb|FK637102.1|FK637102
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EST: gi|208153133|gb|GD945296.1|GD945296
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EST: gi|208154590|gb|GD956707.1|GD956707
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EST: gi|208233667|gb|GE030918.1|GE030918
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EST: gi|208213569|gb|GE013622.1|GE013622
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|207845359|gb|GD817042.1|GD817042
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|193541873|gb|FK496643.1|FK496643
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EST: gi|208219053|gb|GE015783.1|GE015783
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genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|207764430|gb|GD735795.1|GD735795
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
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EST: gi|208340878|gb|GE134542.1|GE134542
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGTGTGGATCTTAGTGCTGCTAGTG
EST: gi|193575807|gb|FK531700.1|FK531700
EST:     AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAG                         GTTATTGACCTCAGT
genomic: AGTCGACTGTGGATGACGTTCTCAACATGTATACATTGATAACTGGAAAGgtaagtgtta ... ttttaaacagGTTATTGACCTCAGT
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