Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATTGCGAGGGCAAGTTGTGAAGCCACACAACATTGCTGATGATCTTAAGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAGgttattctctaacttttggaatatttttaattatatatcaattgagaggaaagattatcttgggctgcggagtaaaaaatatcttctagctatatttcgtgcacctttaatttttatattattattattatttggattatctttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G35870.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7691426|gb|AW759554.1|AW759554
EST:     AGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAG                         GGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
genomic: AGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAGgttattctct ... atctttgtagGGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
EST: gi|21256821|gb|BQ453709.1|BQ453709
EST:     ATTGGTGGATCCGTAAAG                         GGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
genomic: ATTGGTGGATCCGTAAAGgttattctct ... atctttgtagGGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
EST: gi|9203797|gb|BE330021.1|BE330021
EST:     GGATCCGTAAAG                         GGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
genomic: GGATCCGTAAAGgttattctct ... atctttgtagGGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
EST: gi|208096014|gb|GD892450.1|GD892450
EST:     AGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAG                         GGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA
genomic: AGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAGgttattctct ... atctttgtagGGAACAGCTTTGACAGTCACAACAATTGGATTTCTTAAGGAAGCTCCTCAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATATTGCGAGGGCAAGTTGTGAAGCCACACAACATTGCTGATGATCTTAAGTTCCCTCAATTTGTTAAATATGCACCAGTAATTGGTGGATCCGTAAAGgttattctctaacttttggaatatttttaattatatatcaattgagaggaaagattatcttgggctgcggagtaaaaaatatcttctagctatatttcgtgcacctttaatttttatattattattattatttggattatctttgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA