Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   
8  
 5'  3'   
9  
 5'  3'   
10  
 5'  3'   
11  
 5'  3'   
12  
 5'  3'   
13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgatattttagttactatttgaagctatgaagcacggacaccggacacggatacgtggacacctgtaatgtccaaaatatagaacgta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G01220.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G01220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT4G39170.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgatattttagttactatttgaagctatgaagcacggacaccggacacggatacgtggacacctgtaa-tgtccaaaatatagaacgta
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||||| ||||| || || || | ||||||||| | || || ||||| |||||| || || || || || ||| || | | || || ||| || ||| | | | | | || ||| || | | |
GTCAAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAACTGCTTAATGCAGCTGTCTGCCGTGTAGACGCCCTTGAAGCTGAGCTCATAGCCACTAAGAAGgtaac-tgaataccatgttca----acaattgaaacccaccaaaattaga-acctgagacgt-ttcacgttctctaaaaactgtttgttatttgaagcag-

upper sequence: GLYMA04G01220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv03s0038g04470.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgatattttagttact-atttgaagctatgaagcacggacaccggacacggatacgtggacacctgtaatgtccaaaatatagaacgta-
| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||| |||| | |||| | | | | | || || | | | || | | | | | | |
AGCAAAACCATCAGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGCTGAATGCTGCTGTATGCCGTGTTGATGCCCTAGAAGCTGAGTTAATTGCTACCAAAAAGgtatgaaatctatggtata--agttgttcatttccactgacagaagcccaatcttggtcataataatctttctagcttccttcacaccatttcatgattaat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193622905|gb|FK572379.1|FK572379
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193305313|gb|FK273218.1|FK273218
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209712292|gb|BW668486.1|BW668486
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193686728|gb|FK626107.1|FK626107
EST:     GTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193399278|gb|FK364766.1|FK364766
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208278241|gb|GE077054.1|GE077054
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207766724|gb|GD738352.1|GD738352
EST:     GGGTGGATGCTTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GGGTGGATGC-TTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207703930|gb|GD685920.1|GD685920
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209728327|gb|BW658539.1|BW658539
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208082485|gb|GD882563.1|GD882563
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208162334|gb|GD962211.1|GD962211
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208052022|gb|GD853433.1|GD853433
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209716698|gb|BW679567.1|BW679567
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207831483|gb|GD803413.1|GD803413
EST:     CCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207796671|gb|GD768397.1|GD768397
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207729874|gb|GD706426.1|GD706426
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208317139|gb|GE113204.1|GE113204
EST:     CGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208329694|gb|GE130519.1|GE130519
EST:     GTGGATGCTTTGGAAGACTAGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GTGGATGCTTTGGAAG-CT-GAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207800687|gb|GD775958.1|GD775958
EST:     TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|209704788|gb|BW673440.1|BW673440
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193373435|gb|FK340207.1|FK340207
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208093668|gb|GD893085.1|GD893085
EST:     CCGGGTAGGATAGCTTTGGAAGCNGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CCGGGT-GGAT-GCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208301407|gb|GE099842.1|GE099842
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193427961|gb|FK397935.1|FK397935
EST:     GCCGGGTGGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGT-GGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207769949|gb|GD741815.1|GD741815
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|207699689|gb|GD678946.1|GD678946
EST:     TTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: TTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193319806|gb|FK285201.1|FK285201
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGA
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACT-AAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGA
EST: gi|193327995|gb|FK296886.1|FK296886
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193547062|gb|FK504065.1|FK504065
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTTGGTAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-C-TTTGG-AAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193429197|gb|FK398457.1|FK398457
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTGTATGACGCATTGATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193552942|gb|FK505785.1|FK505785
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTTGGTAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-C-TTTGG-AAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|16348272|gb|BI973867.1|BI973867
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|208028029|gb|GD824075.1|GD824075
EST:     GCCGGGTGGATGTCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATG-CTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|192306576|gb|FG996238.1|FG996238
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193690401|gb|FK632710.1|FK632710
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|193365573|gb|FK329812.1|FK329812
EST:     GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: GCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
EST: gi|192324737|gb|FK018773.1|FK018773
EST:     CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAG                         GCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC
genomic: CTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgct ... ttctgcatagGCTCTATATGATGCATTAATGAGGCAAGAAGAGCTGCTTGCTTACATTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCTAAGCCATCTGAGATGCCTTATGAGAAAGAGGAATTGTTGAATGCTGCTGTATGCCGGGTGGATGCTTTGGAAGCTGAGTTAATTGCTACTAAAAAGgtaggatgcttatgatattttagttactatttgaagctatgaagcacggacaccggacacggatacgtggacacctgtaatgtccaaaatatagaacgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA