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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATCAATTTTTGAATGCATGATTGCAAACTTGTTTGAGGAGTATAGATTTTTCCCAAAGTATCCTGAAAGGCAACTCAAAATTGCTGCAGTTCTCTTTGgtaagttttgcttttggcattgcagatggtgaaatttaagttcttttttatgatcaccaatgtattggggtttttgattgtgtttcaactaggcaacttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G27270.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G27270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT1G02080.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 12
AAATCAATTTTTGAATGCATGATTGCAAACTTGTTTGAGGAGTATAGATTTTTCCCAAAGTATCCTGAAAGGCAACTCAAAATTGCTGCAGTTCTCTTTGgtaagt------tttgcttttggcattgcagatggt---------------gaaatttaagttcttttttatgatcaccaatgtattggggtttttgattgtgtttcaactaggcaacttt-------------------------------------------------------------
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AAATTAATTTTTGAATGCATGATTGCTAATCTGTTTGAAGAATATCGGTTTTTCCCCAAGTATCCTGAGAGACAGCTGAAAATAGCCTCCATACTCTTTGgtgagtaggatattttactttgatatagcgggtggtttttgttggggagggggagaccatcatatcttctatgctattgtgtagcccccaacatttcttactgtactatttgagcgtctcttcagatttgtattgttgtcgtgacattctcttgaatctactgcgacttatacaaatttcag
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AAATCAATTTTTGAATGCATGATTGCAAACTTGTTTGAGGAGTATAGATTTTTCCCAAAGTATCCTGAAAGGCAACTCAAAATTGCTGCAGTTCTCTTTGgtaagttttgcttttggcattgcagatggtgaaatttaagttcttttttatgatcaccaatgtattggggtttttgattgtgtttcaactaggcaacttt

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