1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
AGAAGGGATTAACTATTGTTACCACATCATTTGATGGTTATTTGTACCTCATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTCgtaagagattctttaactgttatctctcggatatgctttctgttctactttcttgaagttatgtgccattttttttacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G14690.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTC GTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCTEST: gi|193360615|gb|FK325931.1|FK325931
genomic: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTCgtaagagatt ... ttttttacagGTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCT
EST: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTC GTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCTEST: gi|7588667|gb|AW704458.1|AW704458
genomic: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTCgtaagagatt ... ttttttacagGTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCT
EST: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTC GTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCT
genomic: ATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTCgtaagagatt ... ttttttacagGTATAGCATGGTCTTGGCAGACAATGTTGATGGTGGGGATGATCTTGATCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAAGGGATTAACTATTGTTACCACATCATTTGATGGTTATTTGTACCTCATTGATGGACCTACTGGATGTGCTGATGCTGTTGACATTGGTGAAACTTCgtaagagattctttaactgttatctctcggatatgctttctgttctactttcttgaagttatgtgccattttttttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT