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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAACGTTGCAGTTCACTCTCGATGGCAAGACTATGTTGGTCAAAACTCATGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcacttgaaattttggctttagtatgctatcgggtgagggcgagccctagtgcagcggtaaagttgtgccttggtgacttgttggtcatgggttcg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41380.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208275144|gb|GE067656.1|GE067656
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|193732262|gb|FK665004.1|FK665004
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|193436995|gb|FK400356.1|FK400356
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAG
EST: gi|207765771|gb|GD736016.1|GD736016
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|208165513|gb|GD964509.1|GD964509
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|193672223|gb|FK617585.1|FK617585
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATGGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAA
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAA
EST: gi|51343550|gb|CO984283.1|CO984283
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|208210797|gb|GE009114.1|GE009114
EST:     GGATTAATAATATCTATTAATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGA
genomic: GGATTAATAATATCTATTA-TTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGA
EST: gi|193727799|gb|FK663757.1|FK663757
EST:     GGATTTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: GGA-TTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|207806472|gb|GD777437.1|GD777437
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTTGTATTAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTAGATCCTGACCTATTT
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagG-TG-A-TAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCT-GATCCTGACCTATTT
EST: gi|208141829|gb|GD939559.1|GD939559
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTT
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTT
EST: gi|193710643|gb|FK644643.1|FK644643
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTTCCTTCTGATCCTGACCTATTTAA
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTT-CCT-CTGATCCTGACCTATTTAA
EST: gi|207735511|gb|GD712986.1|GD712986
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAG
EST: gi|208210656|gb|GE009043.1|GE009043
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAG
EST: gi|18038992|gb|BM307286.1|BM307286
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAGATCTTTCCTCTGATCCTGACCTATTTAAAG
EST: gi|207819245|gb|GD789949.1|GD789949
EST:     TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCGAGAATAAACACAG                         GTGATAGCATACTGTATTTAG
genomic: TGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcactt ... gttcacacagGTGATAGCATACTGTATTTAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GAAACGTTGCAGTTCACTCTCGATGGCAAGACTATGTTGGTCAAAACTCATGGATTAATAATATCTATTATTGACTTCACTTTATCAAGAATAAACACAGgtgagcacttgaaattttggctttagtatgctatcgggtgagggcgagccctagtgcagcggtaaagttgtgccttggtgacttgttggtcatgggttcg

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