Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCATGCCTGTTTGCAGGCAACCACCGACTTCATTAACCAGCTTCCAGACCACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccctctctctgcttttaaacagcatcaccgtgtttttaatgaattggaaatttctgcagtgaagttccttaatttttgtccctctactttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G22520.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7639784|gb|AW734099.1|AW734099
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGA
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGA
EST: gi|27426993|gb|CA938513.1|CA938513
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
EST: gi|197661912|gb|FD480321.1|FD480321
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTAC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTAC
EST: gi|214005285|gb|DB985127.1|DB985127
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
EST: gi|213604159|gb|DB984196.1|DB984196
EST:     ATACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
EST: gi|11689987|gb|BF597663.1|BF597663
EST:     TCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: TCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
EST: gi|5666751|gb|AI930787.1|AI930787
EST:     ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAG                         GAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC
genomic: ACACTATATCTCCATGCCCCGCTCCCTATGCACCTTTATTGAAATGAAAGgttcaaccct ... tactttgtagGAACTGGAAATGTATGTAGTCTGAACTGTACAAATATGGATTTGATGAACC