Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCCAGTATCATAGGTGTTGGCGCATATGTATCTCCTGCTATGGCTGCTGGTGCTCATTGTGTTGTTGAACCTCCATCTGATGGGCTTGAATACACTTGgtatattcacttccctcattggatgactttttatatccttgtgtcttaattttgttacttctttattctctctttttttgcatcattatcattgcatgatttatgcaaataattttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G30190.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G30190.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
CTTCCAGTATCATAGGTGTTGGCGCATATGTATCTCCTGCTATGGCTGCTGGTGCTCATTGTGTTGTTGAACCTCCATCTGATGGGCTTGAATACACTTGgtatattcacttccctca--------ttg-gatgactttttat-atccttgtgtcttaatttt---------gttacttctttattctctctttttttgcatcattatcattgcatgatttatgcaaataattttgcag
|||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||    ||||||| |        ||| | || |  |  || || | | ||| || |  ||         ||  |||||    |    || ||||    | | | | | |||||   | |   ||||    | ||||
CTTCAAGCATTATAGGTGTTGGTGCATATGTATCTCCTGCAATGGCTGCTGGAGCTCATTGCGTAGTTGAACCCCCATCTGAAGGCCTTGAATACACTTGgtatacaatcttcccttaagaaaattttgtgttggcagtaaattattcatttgttttgaccttagaaaatgggtcccttctactatgctactgttttgatttgaatcttaatgcatagctgaatgaaatggggt-gcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27426106|gb|CA937626.1|CA937626
EST:     GGTGCTCATTGTGTTGTTGAACCTCCATCTGATGGGCTTGAATACACTTG                         GTCTAGCCGGGGACCAACAGCTGATGGAGACCTTGGTGTTTGTGTGAGTGC
genomic: GGTGCTCATTGTGTTGTTGAACCTCCATCTGATGGGCTTGAATACACTTGgtatattcac ... aattttgcagGTCTAGCCGGGGACCAACAGCTGATGGAGACCTTGGTGTTTGTGTGAGTGC