Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G19670.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os09g26880.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttc-------tttcattggactatttattttggagtttaatttatgat--tgaacttcatgattttctacttag---------------------------
 ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||  ||| || || || | ||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||  | | |||| ||  |||        | | ||||  || |    ||||| ||    | |||  |  || ||   || ||| || | |||                            
GGGAAACTTTGTTCAGCCAACAATTGTGGAAATTTCACCCTCTGCACCGGTTGTGAGAGAAGAACTCTTTGGTCCTGTTCTTTATGTGATGAAAGTTCAGgtataaaagattcaattactttgcttttatgttattgatctgtaatgtttggtgtcagttgtatagtgttggaccagatcattatc-atttacactacttttcgtggtcattacctgcag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 11
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata-ttctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatt--tatgattgaacttcatgattttctacttag----------------------
|||||| ||||| |||||||||||||| || ||| | ||   ||| || || || ||||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||  ||| | | ||||  |     | |||||  ||  |||||    ||   |     |  |                        
AGGAAACTTTGTGCAACCAACAATTGTGGAAATTACACCTTCTGCACCAGTTGTGAAAGAAGAACTCTTTGGTCCTGTCCTTTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatagttcaatattatgtttttttgtattttttacct---gttctaatttctacaattgagaaccactgtgcctaatatccatgaggtttgtgtttcctacag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM5G820733_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata-ttctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatt-tatgattga--acttcatgattttctacttag--------------------
|||||| ||||| |||||||||||| | || ||| | |    ||| || || || ||||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||  ||      ||| | |  |   | | || ||  |||||  ||| |    | |  ||   |                     
AGGAAACTTTGTGCAACCAACAATTATGGAAATTACACGTTCTGCACCAGTTGTGAAAGAAGAACTCTTTGGTCCTGTCCTTTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatagttcaatattatgtttttttttgtattttgtatctgttctaatttctacaattgagaactactgtgtctaatatccatgaggtttgtgtttcctacag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G070514_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata-ttctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatt-tatgattga--acttcatgattttctacttag--------------------
|||||| ||||| |||||||||||||| || ||| | |    ||| || || || ||||||||| | |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||  ||      ||| | |  |   | | || ||  |||||  ||| |   || |  ||   |                     
AGGAAACTTTGTGCAACCAACAATTGTGGAAATTACACGTTCTGCACCAGTTGTGAAAGAAGAACTCTTTGGTCCTGTCCTTTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatagttcaatattatgtttttttttgtattttgtatctgttctaatttctacaattgagaactactgtatctaatatccatgaggtttgtgtttcctacag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G382159_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata-ttctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatg----attgaacttcatgattttctacttag--------------------
|  |  |       |        | |  || ||| | |    ||| || || || |||||||||   |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | |||  || |  |||||  | |    | |||||| |     |  ||||| |    | || ||   |                     
AAAATGTGACAAGTATTTTTACCTGGAGGAAATTACACGTTCTGCACCAGTTGTGAAAGAAGAACCCTTTGGTCCTGTCCTTTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatagttcaatattatgttttttttg--tattttgtatctgttctaatttctacaatagagaactactgtgtcttatatccatgaggtttgtgtttcctacag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatc--------ttctttcattggactatttattttggagtttaa-tttatgattgaacttcatgattttctacttag-----
 ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  | |     || ||          || |   ||| |||||| | ||   | | ||  ||||  ||  |  |   ||   ||  ||| |     
GGGAAATTTTGTGCAGCCAACAATCGTTGAGATTTCTCCAAATGCCTCTGTAGTTAAGGAAGAATTGTTCGGTCCAGTTCTTTATGTGATGAAATTTCAGgtagtctgttaatgatgtcactctcctccctcttggtggtctatttctcttcctgatcaaacttatcttttcatgtttggaaactcctctttgtgcag

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv09s0002g01010.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttag
 ||||||||||| |  || || |||||||||||||||||  ||||   ||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || |||  |||||| | |     ||       ||  ||    ||  | | ||     ||  |   |  || ||  | |  | | | ||   ||
GGGAAATTTTGTGCGGCCCACCATTGTTGAGATTTCTCCAAATGCAGATGTTGTGAAAGAAGAATTGTTTGTTCCAGTTCTTTATGTTATCAAGTTTACGgtagcctcttcatgattcaagtattagttta--tacatgtattcacactttctcattccttaaaactaa--actctttatgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19054093|gb|BM732760.1|BM732760
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|209706452|gb|BW680739.1|BW680739
EST:     TCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|16346239|gb|BI971834.1|BI971834
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|254316181|gb|GR827718.1|GR827718
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|9259222|gb|BE347430.1|BE347430
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|20449673|gb|BQ253797.1|BQ253797
EST:     GTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: GTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|193511086|gb|FK468971.1|FK468971
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAG
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAA-CAATTCTGTACCTCAAGGATTAAG
EST: gi|8827562|gb|BE211292.1|BE211292
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|22932160|gb|BU549299.1|BU549299
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|20448705|gb|BQ252829.1|BQ252829
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|31466759|gb|CD408787.1|CD408787
EST:     AGTTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: AG-TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|254335833|gb|GR847361.1|GR847361
EST:     AGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGACCAATTCTGTACTTCAAGGATTAAGT
genomic: AGTTAAAGAAGAATTGTTTGGT-CCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|22932883|gb|BU550022.1|BU550022
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|7795093|gb|AW780490.1|AW780490
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|207767920|gb|GD740332.1|GD740332
EST:     TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|31463990|gb|CD406018.1|CD406018
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|193615341|gb|FK564765.1|FK564765
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|193472436|gb|FK438643.1|FK438643
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTA
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTA
EST: gi|5677082|gb|AI938212.1|AI938212
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|254315874|gb|GR825683.1|GR825683
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|254316180|gb|GR827717.1|GR827717
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|10255898|gb|BE823664.1|BE823664
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|19936658|gb|BQ080961.1|BQ080961
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|254335832|gb|GR847360.1|GR847360
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|192309267|gb|FG999144.1|FG999144
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTAC-TCAAGGAT-AAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|12773669|gb|BG238596.1|BG238596
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|208314647|gb|GE112191.1|GE112191
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGGACAATTCTGTACCT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCT
EST: gi|192309268|gb|FG999145.1|FG999145
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|193407360|gb|FK372693.1|FK372693
EST:     TAGTTAAAGAGGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGCTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|20812239|gb|BQ296717.1|BQ296717
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|9259105|gb|BE347252.1|BE347252
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|298186164|gb|HO036797.1|HO036797
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|15813675|gb|BI785950.1|BI785950
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|19934585|gb|BQ079615.1|BQ079615
EST:     TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: gi|209718197|gb|BW657829.1|BW657829
EST:     TGAAATTTCAG                         ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCCGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttctttcattggactatttattttggagtttaatttatgattgaacttcatgattttctacttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG