Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTTGGATTCTTAATGGAAGATATTCTGGCACTGAAACCAACTCTATTTTGTGGTGTTCCTAGAGTTTATGATCGTGTTTATGCTTgtaaggctatatgtttttggtactagcactcttatcttggtgtgtgctatagtgctctaagtattgaatttaagctgcatgtactcttgtaagttgtaactactaactatattgtccaataagcattgactataagctttgtgcctgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G13050.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G13050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv03s0063g01880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GATGTTGGATTCTTAATGGAAGATATTCTGGCACTGAAACCAACTCTATTTTGTGGTGTTCCTAGAGTTTATGATCGTGTTTATGCTTgtaaggctatatgtttttggtactagcactc-ttatcttggtgtgtgctatagtgctctaagtattgaatttaagctgcatgtactcttgtaagttgtaactactaactatattgtccaataagcattgactataagctttgtgcctgaag
|||||  |||  |||||||| || |||| || |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||   ||| ||   |   || ||| |  |   | || |||||      ||   | |  | ||||||| ||  | || ||  |   ||||    || |                                                           
GATGTGAGATATTTAATGGAGGACATTCAGGAACTGAAGCCAACTATATTTTGTGGGGTTCCTAGAGTTTATGAACGTATATATGGAGgtacggaatttatttcttgctcttcatattcattatcaattgttgatttgtgtttctctaagcat--agttgaaaatttgtgta----tgaag----------------------------------------------------------