Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATGTTATTGAGAAATGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcctttcatctcttgttcaaagcttcagcttttccaaggctggagatgatctgttactcaaactattttcatgtcatttaatttagtattagc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35290.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35290.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os02g57390.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
AAATGTTATTGAGAAATGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcctttcatctctt---gttcaaagcttcagcttttccaaggctggagatgatctgttactcaaactattttcatgtcatttaatttagtattagc
 |||||| ||||||| ||  |  | || ||||||||||| || || |||||| |  | |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||  |   | ||  |      ||  |  | ||| | |  |  ||   |   || | | |     |     |  |   || | | |    ||||| ||   
CAATGTTGTTGAGAAGTGCCTTTCCTTCGGTAGTCCTGAGGAGCGCCAGATTCTAATTAATGAAATGCTTGGCACAACTGACGAGAATGAGCCATTACAGgtatgttttgatccagttacgtaagtgtatcgtttccgttcgtagaattttcatga-gttttaggctttgctgtgataatatattaatatggttagtgttt--

upper sequence: GLYMA10G35290.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G123537_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 8
AAATGTTATTGAGAAATGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcctttcatctcttgttcaaagcttcagcttttccaaggctgga----gatgatctgttactcaaactattttcatgtcatttaatttagtattagc-------------------------
 |||||| ||||||| ||| |  ||||||||  ||||||  |||| |||||| |  | |||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||| ||  | |     ||  |        || |     |||   |  | | |    |||| |||| | ||  |     ||  |    ||  | | ||| |  |                           
CAATGTTGTTGAGAAGTGTCTTACTTTTGGTTCTCCTGAGCAACGGCAGATTCTAATCAATGAAATGCTTGGCACAACTGATGAGAACGAGCCGTTACAGgtttgttttcaacattcagtctcatcttgcctttttcttttagaatcggtagttcgatggtctgctgctgcag--gattggactcgatgcattctagcaacacttgtaatgtaaacttatgtcctccag

upper sequence: GLYMA10G35290.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv13s0019g04640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AAATGTTATTGAGAAATGTTTGGCTTTTGGTAGTCCTGAAGAACGTCAGATTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatg-gctcctttcatctctt---gttcaaagcttcagcttttccaaggctggagatgatctgttactcaaactattttcatgtcatttaatttagtattagc
 |||||| ||||||| |||||  |||||||| |||||||||| |||||  | ||||||| ||||||||||||  |  ||||||| ||||||||||| ||||| || ||  | ||  | ||||    ||||||   |    | ||   |   |   ||| | |   |||| | ||||| ||     |     || || |  |   
TAATGTTGTTGAGAAGTGTTTAACTTTTGGTGGTCCTGAAGAGCGTCAACTATTGGTGACTGAAATGCTTGGTTCCACTGATGAAAATGAGCCCTTGCAGgtttgcgcatccttgctttcttctaattcaaatactatattattttgattattttgataagc-aatact-atactatctttggtgctgaagatatattcctc--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9903241|gb|BE612209.1|BE612209
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTACTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTATTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|213590609|gb|DB973340.1|DB973340
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAA
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAA
EST: gi|21888591|gb|BQ741804.1|BQ741804
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|254348287|gb|GR851966.1|GR851966
EST:     CTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCC-TTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: CTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|22928875|gb|BU546014.1|BU546014
EST:     GATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTNNNNGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: GATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|26057513|gb|CA800427.1|CA800427
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|254348286|gb|GR851965.1|GR851965
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|10252797|gb|BE820563.1|BE820563
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|254330699|gb|GR841964.1|GR841964
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|7693297|gb|AW761391.1|AW761391
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
EST: gi|254330700|gb|GR841965.1|GR841965
EST:     TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAG-CCTTACAG                         GCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG
genomic: TTTTGGTGAATGAAATGCTTGGCACTTCTGATGAGAATGAGCCCTTACAGgtatggctcc ... caatttgcagGCTATGATGAAGGACCCTTTTGGAAATTATGTAGTGCAAAAGGTTCTTGAG