Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCCAAAATCATTGCCAGTAGATGTAAATTGGAACCCTGATTCTGAAGCATCTCAAGTCACCGGAGGTTACAGCATAGGTTTCTCCCTGACAGTGTTACAGgtagtctatttgagggcactcgaaagatatttcatgatagaagttaaaaaaatatctttaacaatttagttaggctagacatggttggtgtcttggtcta...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G35190.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G35190.2 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv13s0019g04770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
GCCAAAATCATTGCCAGTAGATGTAAATTGGAACCCTGATTCTGAAGCATCTCAAGTCACCGGAGGTTACAGCATAGGTTTCTCCCTGACAGTGTTACAGgtagtctatttg-agggcactcgaaag-atatttcat-gatagaagttaaaaaaatatctttaacaatttagttaggctagacatggttggtgtcttggtcta--------------------------------------------------------------------
 || || ||| || | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| || || || || || ||  ||||||| |||||||||| ||   || |  |     | ||| |  ||| || ||||    |  |   | |  ||     | | |   | |   |   |         |||  || ||                                                                    
ACCCAAGTCAGTGACTGTAGAAGTAAACTGGAACCATGATTCTGAAGCATCTCAAGTAACTGGAGGCTATAGTATTGGCTTTTCTTTGACAGTCTTACAGgtagccttcctgcatagtgtctgtaagtaggtttgattgataatcatctagtgattgactggtgaattcttacttgctgatgtaaaagct-catctatgtttataaatcttagtcaagagactgcctaaaaatttttctgtgatgttgtatttcttaaattttgcatacag