1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCAGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttctttcatcggactatttcttttggagtttagtttatgatcaaacttcatgattttctacttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G08150.1 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTGGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATEST: gi|58019812|gb|CX706554.1|CX706554
genomic: GTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGAT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTAGGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|57575444|gb|CX548419.1|CX548419
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254336948|gb|GR843127.1|GR843127
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|208261117|gb|GE060363.1|GE060363
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTCGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|58022816|gb|CX709557.1|CX709557
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|208163845|gb|GD961511.1|GD961511
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|254336949|gb|GR843128.1|GR843128
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGTEST: gi|19452651|gb|BM954061.1|BM954061
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAAEST: gi|58022682|gb|CX709423.1|CX709423
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAA
EST: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAG ACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
genomic: TAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatata ... ttctacttagACTCTAGAAGAAGCAATTGCCTTGAACAATTCTGTACCTCAAGGATTAAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGAAATTTTGTACAACCAACAATTGTTGAGATTTCTCCAGATGCTCCTGTAGTTAAAGAAGAATTGTTTGGTCCAGTTCTGTATGTTATGAAATTTCAGgtagcatatattctatatcttctttcatcggactatttcttttggagtttagtttatgatcaaacttcatgattttctacttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG