1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
CGACGAGGACATGCTAAAGAAGCTTGGCGACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgacttacagtactcttaaaatgtatgcattgtcaattgtttggttctgtctggaaggattattttataaggcatgatttgtcatgtgagcttttccaaccttaaaaatagcagaatgaagcatacttccttgtaaaatgtagtttcctttgtatgcactattgatattctttattaatggaatcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G36610.1 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCTEST: gi|151396691|gb|EV266564.1|EV266564
genomic: CGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
EST: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCEST: gi|12774697|gb|BG239624.1|BG239624
genomic: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCC-GGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTC
EST: GACCTTATGAACGAGAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCTEST: gi|151408720|gb|EV278528.1|EV278528
genomic: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
EST: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCTEST: gi|31467576|gb|CD409604.1|CD409604
genomic: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
EST: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCTEST: gi|213607524|gb|DB978447.1|DB978447
genomic: GACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
EST: TAGCTGCAGCGTTTTATATGTATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGATGCTCTEST: gi|13482134|gb|BG511477.1|BG511477
genomic: TAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
EST: CGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAG CTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
genomic: CGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgactt ... atggaatcagCTGTCCGGAGTTGGAAGAACTTGTAAATATTTGTCGTAACAATGGTGCTCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGACGAGGACATGCTAAAGAAGCTTGGCGACCTTATGAACGAAAGTCATCATAGCTGCAGCGTTTTATATGAATGCAGgtattgacttacagtactcttaaaatgtatgcattgtcaattgtttggttctgtctggaaggattattttataaggcatgatttgtcatgtgagcttttccaaccttaaaaatagcagaatgaagcatacttccttgtaaaatgtagtttcctttgtatgcactattgatattctttattaatggaatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG