Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCCTGAGAAGAAATTTCACTCTTTCAAGAAGGTGTCTCGGTCCATGGGATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggtaccagaattaattaattataacaagagagactagacttttatgctaatttataatccatattgatggaagatgcctttttctttgtcctcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G05130.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G05130.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT1G72330.3 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GTTCCTGAGAAGAAATTTCACTCTTTCAAGAAGGTGTCTCGGTCCATGGGATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggtacc----agaattaattaattataacaagagagactagacttttatgctaatttataatccatattgatggaagatgcctttttctttgtcctcag
|| ||||| || || || || ||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||| || || |||||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||      | |    |   |  | |  || | |    | | |   |  |||| |  | | |  |  ||  | ||||| |                         
GTCCCTGACAAAAAGTTCCATTCTTTCAAGAAAGTGGCTCGGTCTTTGGGCTATGGAGAAAAAGATATCTCGTTAGTCTCGTTCCAATCAGTCTCCAAAGgtaaaagaacaacttttactgtccaatgcttgtcatctaaaaaatggggtttttgtttttaatattcttc--tgttgatag-------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254347612|gb|GR853861.1|GR853861
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|37996505|gb|CF808094.1|CF808094
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGCTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|254328729|gb|GR833101.1|GR833101
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|58020627|gb|CX707369.1|CX707369
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|21677454|gb|BQ629805.1|BQ629805
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|21887326|gb|BQ740539.1|BQ740539
EST:     TCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: TCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|14999909|gb|BI320723.1|BI320723
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|21888381|gb|BQ741594.1|BQ741594
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|15200437|gb|BI424349.1|BI424349
EST:     GAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: GAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|254347613|gb|GR853862.1|GR853862
EST:     TATCTTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: TATC-TTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGG-
EST: gi|17021823|gb|BM092857.1|BM092857
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|254337075|gb|GR844965.1|GR844965
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|21887295|gb|BQ740508.1|BQ740508
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|16343213|gb|BI968808.1|BI968808
EST:     ATATNNTGAGAATGATATCNNNNNAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGNNNNNNGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|6566158|gb|AW233795.1|AW233795
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
EST: gi|58024010|gb|CX710751.1|CX710751
EST:     ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAG                         GCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT
genomic: ATATGGTGAGAATGATATCACCTTAGTATCTTTTCAATCAGTCTCCAAAGgtaagttggt ... ttgtcctcagGCTATCACGGGGAGTGTGGGAAACGAGGAGGTTATATGGAGGTGACTGGGT