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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACCTTCTAGGACCTGTTGATGAGATATTTTTTGATATCTATGACAGATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAGTGAgtttactcagtggtgttattaatatttgtgccatatgttgatcggttgacaataccatatttaaaactttttgacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
----GACCTTCTAGGACCTGTTGATGAGATATTTTTTGATATCTATGACAGATATGAACCAGTCAACGAACCCACTTTGGACAACTGCTTTATATCAACAGTGAgttta-ctcagtggtgttat-taatatttgtgcca-tatgttgatcggttg-acaataccatatttaaaactttttgacag------------------------------
    |||||||| || ||||| |||||||| || | |||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||  || | |       |  ||| | | |  || ||  ||| | |  || |   | || ||   ||||  | |   ||                               
AATTGACCTTCTGGGGCCTGTCGATGAGATCTTCTATGATATTTATGAAAGATTTGAACCAGTCAATGAACCTTCTTTGGACCAATGTTTTATATCAACAgtgagtttctcttaattccaccttacaatgtatctttcactaatttggttgactgcatgctcccctaccaaaaatatatatgcatactaatcaagttccttgctatgctcaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193433628|gb|FK400578.1|FK400578
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EST: gi|208168059|gb|GD966439.1|GD966439
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