Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCCATTTAAAGTCCTTGTGCGAAGGCAAATATCCTGTCTATTGGATCCAAGTCTTCAGTGTGCCAGGTTTATATATGATGAATTAATAAAGgtaggaacagggctttaaagattttcatctctgttgtcttgctttatcaagtatgtgcctaaacaatatcccttctctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G16340.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G16340.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv03s0038g00970.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
GTGCCATTTAAAGTCCTTGTGCGAAGGCAAATATCCTGTCTATTGGATCCAAGTCTTCAGTGTGCCAGGTTTATATATGATGAATTAATAAAGgtaggaacagggctttaaagattttcatctct-gttgtcttgctttatcaagtatgtgcctaaacaatatcccttctctgcag
||||| ||| |||| |||||| ||||||||||| |  || | || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||||||| ||        |    |||||   |||| |  |   |  | |||  |   |   |    |  |  |   | | || |||
GTGCCGTTTGAAGTTCTTGTGAGAAGGCAAATAGCTCGTTTGTTAGATCCAAGCCTTCAGTGTGCTAGATTCATATATGATGAGTTAGTAAAGgtagaaaattcttacttggcattttatgctcttggggcactattatatgcatctttaacactgatcaagtgattccactccag