Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttggataactatgctagctaatcaactaatgcactactccgcaagattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G07870.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os06g45100.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttggataactatgctagctaatcaactaatgcactac-tccgcaagattgcatgcaga-aataagcctgcgtgtaccacactatttat--------------------------------------------------
|||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||  ||| |||||||| || ||||| |||||| ||||| | |   | | |    |||  ||   |  || ||     || ||| |   |   ||  | |  | ||| | ||    |      ||   |    |||||                                                   
GATATGGGTATTGATTGGCGAATGGGAGCTGAATGGTTTGAAACATGCCTATTGGATTATGACCCAGCTTCAAATTATGGTAATTGGACATATGGAGCAGgttagtgtttctttcctcata--tacagttacttattcttgaaagcattgtataatcattagtcaaagcaaacaaatgacacaaaagtgggagctcatttacatatcatgccagactctgagactgaactgctactactgtaatcttgacag

upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: GRMZM2G103897_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttgg-ataactatgctagctaa-tcaactaatgcactactccgcaagattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat---------------
||||||||  |||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  | ||||||||||| |||  ||| |||||||| || ||||| |||||| |||||   ||  | | ||| | || || |    |  ||| |  |  ||   | |||       | || |||       ||  |  |     |    | | ||| |               
GATATGGGTGTTGATTGGCGAATGGGAGCCGAATGGTTCGAGACATGCTTATTGGATTATGACCCAGCTTCGAATTATGGCAATTGGACATATGGAGCAGgt---tagttgtctttagtatgaccaaaggaaataaattcaaaaaaaaattacaagtgtcgcttacatatccttgtagactggaactgaatgaaatgtttctggtgtactctgacag

upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: AT5G24850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttggataact-atgctagctaatcaactaatgcactactccgca--agattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat-------------
|| |||||  | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||    |  |   | |  |  ||     |  |   | ||| ||  | |  | |  |||||| |    ||||       |   ||   |  || ||| |             
GACATGGGGTTGGATTGGCGTATGGGTGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTATTAGACTATGATCCTTGTTCTAATTATGGAAACTGGACCTATGGAGCAGgtaagtactactcatgacacagtttgtgacttgtggttttcaaattcaacattgagaatgagattgaa-atggaaactttatagatggttgaaatctgtttttcttaccattgaag

upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: Vv04s0008g02670.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaac--tatatttgg-ataactatgctagctaatcaactaatgcactactccgcaagattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat----------------
|| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||  | ||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||| | | ||   | |  |    ||   ||     || ||    | ||| |    |     |||   ||   |    |    ||   | | |      || |                  
GACATGGGCATTGACTGGCGTATGGGAGCTGAATGGTTTGAGACTTGCCTCCTCGATTACGACCCTTGTTCCAATTATGGAAATTGGACCTATGGAGCAGgtgattcacatcacaactaatgtagacatatatccttatgtttttatgtaaatttagatgagaacacacatatctgtgcatctatatatgcattttaatatcctatcctgttttattag

upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ18278 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttggataactatgctagctaatcaactaatgcactactccgcaagattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat
|||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||  | |||||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||     ||||  |     | | |   |||  | ||        || |||     |||| |||||                              
GATATGGGGATTGACTGGCGCATGGGAGCCGAGTGGTTTGAATCCTGTCTGCTGGATTACGATCCATGCTCTAACTATGGAAACTGGACGTATGGAGCTGgtaacta----catttttacgttcaagtt---taagaagct----tgacacgccgagtttttgc-tgcag------------------------------

upper sequence: GLYMA04G07870.2 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: EFJ22017 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
GATATGGGCATTGATTGGCGCATGGGAGCAGAATGGTTTGAGACATGTCTTTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaactatatttggataactatgctagctaatcaactaatgcactactccgcaagattgcatgcagaaataagcctgcgtgtaccacactatttat
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  | |||||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||     ||||  |     | | |        ||  |       || |||     |||| |||||                              
GATATGGGGATTGATTGGCGCATGGGAGCCGAGTGGTTTGAATCCTGTCTGCTGGATTACGATCCATGCTCTAACTATGGAAACTGGACGTATGGAGCTGgtaacta----catttttacgttcaagttg-------aagaagcttgacacgccgagtttttgc-tgcag------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14990988|gb|BI316661.1|BI316661
EST:     TTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAG                         GAGTTGGGAATGATCCCAGAGAAGATCGTTATTTCAGCATCCCAAAACAA
genomic: TTTGGATTATGATCCATGTTCTAATTATGGAAACTGGACTTATGGATCAGgtaactaact ... tcctgttcagGAGTTGGGAATGATCCCAGAGAAGATCGTTATTTCAGCATCCCAAAACAA