Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTAAAGGTTGAAAATATAATGGATTTCTGCTGGTCTTCTACTGATCCAATTATTGCTCTTGTTGTTCCTGATATGGGAGGTGGTAACCAGCCTGCCAGGgtaagtatgtattttttctttcatgtaggtctattgaagttttattttacttggttattgtaatgaatggtcatatattatttattaattattttatatttatgttctttgacatatttatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G06080.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G06080.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
lower sequence: LOC_Os10g41960.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 8
AGTAAAGGTTGAAAATATAATGGATTTCTGCTGGTCTTCTACTGATCCAATTATTGCTCTTGTTGTTCCTGATATGGGAGGTGGTAACCAGCCTGCCAGGgtaagtatgtattttttctttcatgtaggtctattgaagttttattttacttggttattgtaatgaatggt-catatattatttattaattattttatatttatgttctttgacatatttatag
  | |||||||| ||| |  | || |||||||||||| | ||||||||||| || || ||| |||| |||||  |||| || || ||||||||||| |||||||||       |||||| |  |  |   || |||| |     ||        | || || | || |      |||| | |||||| |                                   
TCTGAAGGTTGAGAATGTTGTCGACTTCTGCTGGTCTCCAACTGATCCAATCATAGCCCTTTTTGTCCCTGAGTTGGGTGGAGGAAACCAGCCTGCAAGGgtaagtgcaa---ttttctgtgcttcatcccttttgaggaa--gttccgtcaactaatggtgaagactaaaatctataatttttattgaaag--------------------------------