Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGTGCAATAAAAAGTGCTTATCCAGATATCCAAATTATTTCAAATTGTGATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtcttcacactatgtctttgattacaaaccccttatacacacacatgcacatataatattgatccacttttgtatcttctcttatactctgtttctattattag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G27460.2
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7796787|gb|AW782181.1|AW782181
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|6134767|gb|AW133160.1|AW133160
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|9819826|gb|BE555402.1|BE555402
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|19348102|gb|BM892634.1|BM892634
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|9819476|gb|BE554989.1|BE554989
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATNTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|6071989|gb|AW101436.1|AW101436
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|22523744|gb|BU082555.1|BU082555
EST:     GTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: GTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|51335508|gb|CO979374.1|CO979374
EST:     GATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGNNAATGCATTTGATCAT
genomic: GATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|21600500|gb|BQ610831.1|BQ610831
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
EST: gi|27424547|gb|CA936067.1|CA936067
EST:     ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCAT                         GTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT
genomic: ATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtctt ... ctattattagGTTTATACAAATGCGAATGACATGTTTTCTAGAGCTAATGCATTTGATCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGTGCAATAAAAAGTGCTTATCCAGATATCCAAATTATTTCAAATTGTGATGGTTCTTCTCGACCTTTAGATCATCCAGCTGATATGTATGATTATCATgtaatgtcttcacactatgtctttgattacaaaccccttatacacacacatgcacatataatattgatccacttttgtatcttctcttatactctgtttctattattag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT