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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGCAATAATGAAAGGCTTACGGCATCCAAACATTGTTTTACTTATGGGTGCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaagaatatctcatctaccagttcctttaccttcccccctataagagggatctcttttcatggctataaaatatcttatacttgagacctaaaggatttgattgaactgtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G37570.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G37570.2 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT5G03730.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 9
TTGCAATAATGAAAGGCTTACGGCATCCAAACATTGTTTTACTTATGGGTGCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaagaatatctcatctaccagttcctttaccttcccccctataagagggatctcttttcatggctataaaat-atcttatacttgagacctaaaggatttgattgaactgtgcag
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TTGCGATAATGAAACGCCTTCGCCACCCTAACATTGTTCTCTTCATGGGTGCGGTCACTCAACCTCCAAATTTGTCAATAGTGACAGAATATTTGTCAAGgt---acaattac-ttggatttggaag---gtttgatgtactgagtgta-gaattttggcctataatgactctaataccatgatttctttcaaacag------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193654480|gb|FK600590.1|FK600590
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208031806|gb|GD829494.1|GD829494
EST:     CCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: CCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|298178752|gb|HO024487.1|HO024487
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGG
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208211092|gb|GE012153.1|GE012153
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGCCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|193637696|gb|FK583543.1|FK583543
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|193385242|gb|FK352704.1|FK352704
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208307044|gb|GE101556.1|GE101556
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208176074|gb|GD974305.1|GD974305
EST:     AGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCAACGGAAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCT
genomic: AGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCA-CGGAA-TATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCT
EST: gi|193369249|gb|FK337113.1|FK337113
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208289273|gb|GE084978.1|GE084978
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|193314122|gb|FK282527.1|FK282527
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCT
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCT
EST: gi|208273291|gb|GE070577.1|GE070577
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|193398396|gb|FK362064.1|FK362064
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|193402418|gb|FK369778.1|FK369778
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTAACAGGCTGTTG
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTA-CAGGCTGTTG
EST: gi|207701046|gb|GD681787.1|GD681787
EST:     CTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: CTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|207770421|gb|GD742833.1|GD742833
EST:     TATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: TATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
EST: gi|208324413|gb|GE125714.1|GE125714
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGACTGTTAGACAATAAACCTGGCGCTAC
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGG-CTGTT-G-CA-TAAACCTGGCGCTAC
EST: gi|207701641|gb|GD681864.1|GD681864
EST:     GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAG                         GGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA
genomic: GCAGTCACTAAGCCTCCTAATTTATCAATTGTCACGGAATATTTGTCAAGgttttgcaag ... aactgtgcagGGGTAGCTTGTACAGGCTGTTGCATAAACCTGGCGCTACAGAGATGTTGGA