Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTGTCTGTATGTCCTTATATTCATTGGTGGCTGCAATATTTGGTATGAACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacatatcacttgcaacaatatgagaaaggaatggtttgagtgagtgagtgatagagattagagagagtatatagctccaatttcctgattattttcaattcatttttttattttataattttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G34430.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G34430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv07s0141g00590.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
---GACTGTCTGTATGTCCTTATATTCATTGGTGGCTGCAATATTTGGTATGAACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacatatcacttgcaacaatatgagaaaggaatggtttgagtgagtgagtgatagagattagagagagtatatagctccaatttcctgattattttcaattcatttttttattttataattttag
    ||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    ||  | ||||| | |  |||| ||||||||||||  |  ||| |     || |   | |||   |     | |   |     |     || ||     || | | ||| |    |||     | | |||  || | |                     
TGGAACTGTCTGTTTGTCTATATATTCTTTGGTGGCTGCTATATTTGGCATGAACATCCCATATACATGGAGGA-AC--GACCATGGATACATGTTCAAATGGgtatgtggagttca-tcatctcactgccaaaaaaagaa----taaaaaaacacattgccaaggtt---ttgattgtttagttttgttttttccctcaatttttatgcctag-------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208269149|gb|GE069878.1|GE069878
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCATCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193411159|gb|FK377678.1|FK377678
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTAATACCATAG
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTA-T-CCATAG
EST: gi|193466559|gb|FK433016.1|FK433016
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|207810223|gb|GD781963.1|GD781963
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193458897|gb|FK424658.1|FK424658
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193569803|gb|FK524482.1|FK524482
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|207832876|gb|GD804014.1|GD804014
EST:     ACGTACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208197529|gb|GD997210.1|GD997210
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208217729|gb|GE018673.1|GE018673
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTANCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208270867|gb|GE069903.1|GE069903
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGACCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193630227|gb|FK585340.1|FK585340
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193374154|gb|FK342816.1|FK342816
EST:     TGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: TGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208076221|gb|GD878146.1|GD878146
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208321194|gb|GE118113.1|GE118113
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|207790338|gb|GD762371.1|GD762371
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|207784131|gb|GD758441.1|GD758441
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193592901|gb|FK548779.1|FK548779
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208279606|gb|GE078363.1|GE078363
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGATGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|120495085|gb|EH223252.1|EH223252
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208116347|gb|GD916716.1|GD916716
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208336775|gb|GE136033.1|GE136033
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTANCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193664873|gb|FK610861.1|FK610861
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208080094|gb|GD878466.1|GD878466
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208284880|gb|GE082040.1|GE082040
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|22926930|gb|BU544069.1|BU544069
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193597830|gb|FK549236.1|FK549236
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208334406|gb|GE130419.1|GE130419
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193630885|gb|FK580952.1|FK580952
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|193537988|gb|FK494561.1|FK494561
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTT-ATCCAAATAA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCA--TA-
EST: gi|208333452|gb|GE126217.1|GE126217
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTANCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|208147560|gb|GD945381.1|GD945381
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
EST: gi|207789223|gb|GD762223.1|GD762223
EST:     ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGG                         GTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA
genomic: ACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacat ... ataattttagGTGGTGATCTTTGGCGGAATGGTTTGTGCATCCTTGTTTTTATCCATAGTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GACTGTCTGTATGTCCTTATATTCATTGGTGGCTGCAATATTTGGTATGAACATACCATATACATGGAAAGCACCAGGCCATGAACATGTGTTTAAATGGgtatgtacatatcacttgcaacaatatgagaaaggaatggtttgagtgagtgagtgatagagattagagagagtatatagctccaatttcctgattattttcaattcatttttttattttataattttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA