Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaattcgttaaccttgcgtttttctgaaagatattttatccaattgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaaca

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G44820.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: AT5G08380.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggt-----tagaaattcgttaacc--ttgcgtttttctgaaagatatttta--tccaattgagatcattatattcat--tgaacatgtgaattcaaca----------
  ||| | ||||  ||||| ||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| ||||| |||     ||  |  ||   ||     | |   |   | ||   | ||  |  |    |  ||     ||  |||||  |||    |||| ||               
-TATGATCTCAATAGCAGACATGAATGAAGTCTACGCTGAGCATGCAAGACCTGGTGGCTGGAACGgtactgttattatctcagcaagagactactactactttaagcttgttgcagattttgtgaaggatgataatttcatgatgagtgggtgactttgctgttggttgcag

upper sequence: GLYMA18G44820.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaa--attcgt---taaccttg-cgtttttctgaaa---gatattttatccaat----tgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaaca-------------------
 |||| | || || || ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||     ||| |      | |||||||||   |  |||| || ||      |    |  | || ||| |||||        ||                        
-CATGATGTCTAGAGCTGATATGAATGATGTTTATGCTCAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATGgttagcattattcacctctaatcacaatatatttctgaaactagtaatttcatgcagacagatagatttgtgattttctttgaaacacccttttttttgtgtgtgtgcgtgaaaatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|51335838|gb|CO979704.1|CO979704
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|192330118|gb|FK019773.1|FK019773
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208198385|gb|GD995476.1|GD995476
EST:     TGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: TGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|151412992|gb|EV282800.1|EV282800
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAG-TGGGAAATGGAGG
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGG
EST: gi|207792174|gb|GD765508.1|GD765508
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAAT
EST: gi|13312579|gb|BG406230.1|BG406230
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|193558294|gb|FK514903.1|FK514903
EST:     AAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: AAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208124534|gb|GD921516.1|GD921516
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|24206259|gb|BU965512.1|BU965512
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT
EST: gi|208233662|gb|GE030913.1|GE030913
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGA
EST: gi|9564293|gb|BE473802.1|BE473802
EST:     CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAAT                         GATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGATGGATGACAAAAAATGAATAT
genomic: CAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaat ... gaattcaacaGATCCTGATATGCTTGAGGTGGGAAATGGAGGGATGACAAAAAATGAATAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCATGGTTTCAAGGGCAGATATGAATGAAGTTTATGCAGAGTATGCAAGACCTGGTGGTTGGAATggttagaaattcgttaaccttgcgtttttctgaaagatattttatccaattgagatcattatattcattgaacatgtgaattcaaca

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG