1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
CACAGATTCTGTGGTTCCAGTTACTGCCACAAGGTTTTCTCTCAACCACCTTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAGgtattaatttattaaatttgaaagccatatatataacatattacatgtaccaatatttcacactgaggtttatgtatcttgtggttactttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G08090.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAG GTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGAEST: gi|20813727|gb|BQ298205.1|BQ298205
genomic: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAGgtattaattt ... gttactttagGTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGA
EST: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAG GTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGAEST: gi|13482353|gb|BG511696.1|BG511696
genomic: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAGgtattaattt ... gttactttagGTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGA
EST: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAG GTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGA
genomic: TTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAGgtattaattt ... gttactttagGTTGGTGGATGGACAGAGGTGTATGATGGACTAACTTTTGCAACAGTAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CACAGATTCTGTGGTTCCAGTTACTGCCACAAGGTTTTCTCTCAACCACCTTAACCTCAGCATCAGAACTCGCTGGTATCCATGGTACTCTGGTGGACAGgtattaatttattaaatttgaaagccatatatataacatattacatgtaccaatatttcacactgaggtttatgtatcttgtggttactttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA