Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTCCTTTATACATTATCTTGGCCAGAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaatttcccctgtatcatgttttctttagttcaaaaatggattactttattgagagacaaaaggaataattaaacacttttcaaatgcacaac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G10880.3
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120492901|gb|EH221068.1|EH221068
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|26269443|gb|CA820506.1|CA820506
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGCTCTCTAACATTTTATGCACCCGGATGAC
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACC-GGATGAC
EST: gi|213614894|gb|DB978327.1|DB978327
EST:     TGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: TGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209706625|gb|BW667851.1|BW667851
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|8670372|gb|BE191479.1|BE191479
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|31308042|gb|CD393245.1|CD393245
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209701660|gb|BW655881.1|BW655881
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|213602836|gb|DB980075.1|DB980075
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209701232|gb|BW652680.1|BW652680
EST:     GAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120494409|gb|EH222576.1|EH222576
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209704653|gb|BW675875.1|BW675875
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|27425931|gb|CA937451.1|CA937451
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|214006293|gb|DB989534.1|DB989534
EST:     AAGAAAGC-AATGCCT-TGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: AAG-AATCTATTG-CTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209719035|gb|BW657927.1|BW657927
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209713007|gb|BW684301.1|BW684301
EST:     CTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTTCATCGGT
genomic: CTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209698832|gb|BW675760.1|BW675760
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|214007963|gb|DB987851.1|DB987851
EST:     GAAAGCTTCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|214007543|gb|DB987358.1|DB987358
EST:     TGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTTATCTTAGCAA                         GTATGGTT-TACAAACATTTTATGCAACGGATGACAAGAAGTTTCCATCGG
genomic: TGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCT-CTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGG
EST: gi|120492708|gb|EH220875.1|EH220875
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGGCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGGTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120529594|gb|EH257728.1|EH257728
EST:     AAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCACA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGG
genomic: AAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCA-Agtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGG
EST: gi|120494155|gb|EH222322.1|EH222322
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|31309216|gb|CD394419.1|CD394419
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|5606958|gb|AI901056.1|AI901056
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTACCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|31462470|gb|CD404498.1|CD404498
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209729823|gb|BW658628.1|BW658628
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209704932|gb|BW661722.1|BW661722
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|8670440|gb|BE191547.1|BE191547
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|31308362|gb|CD393565.1|CD393565
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|21257379|gb|BQ454267.1|BQ454267
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|13482125|gb|BG511468.1|BG511468
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120495663|gb|EH223830.1|EH223830
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|213606297|gb|DB976486.1|DB976486
EST:     GAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATTATACTCTAACAAGCTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|13790351|gb|BG652942.1|BG652942
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120495209|gb|EH223376.1|EH223376
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209719504|gb|BW669167.1|BW669167
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|19346053|gb|BM890933.1|BM890933
EST:     CTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: CTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209725547|gb|BW677849.1|BW677849
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120493965|gb|EH222132.1|EH222132
EST:     AAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: AAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGG-CCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|17962913|gb|BM269669.1|BM269669
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|22524397|gb|BU083208.1|BU083208
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209728935|gb|BW651725.1|BW651725
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120493962|gb|EH222129.1|EH222129
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120491394|gb|EH219561.1|EH219561
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCCCCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|192313650|gb|FK010266.1|FK010266
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|14205385|gb|BG839063.1|BG839063
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|13481915|gb|BG511258.1|BG511258
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|192317997|gb|FK010247.1|FK010247
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120529157|gb|EH257291.1|EH257291
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209722139|gb|BW659330.1|BW659330
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209717693|gb|BW679723.1|BW679723
EST:     TGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: TGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209701296|gb|BW653039.1|BW653039
EST:     ATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: ATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209698884|gb|BW675814.1|BW675814
EST:     CGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: CGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|192313651|gb|FK010267.1|FK010267
EST:     AAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: AAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209726626|gb|BW666544.1|BW666544
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120494328|gb|EH222495.1|EH222495
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209709552|gb|BW661879.1|BW661879
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209709051|gb|BW658767.1|BW658767
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|15288120|gb|BI472011.1|BI472011
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACA
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACA
EST: gi|214006920|gb|DB988399.1|DB988399
EST:     GAAAGAAACAATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|9204784|gb|BE331008.1|BE331008
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTGCTCTAACATTATATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209721825|gb|BW666420.1|BW666420
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|27424376|gb|CA935896.1|CA935896
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|16342534|gb|BI968129.1|BI968129
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120493876|gb|EH222043.1|EH222043
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|10253580|gb|BE821346.1|BE821346
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209729040|gb|BW651778.1|BW651778
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|9258778|gb|BE346925.1|BE346925
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTNTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|209728985|gb|BW651748.1|BW651748
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|15199915|gb|BI424074.1|BI424074
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|9205477|gb|BE331701.1|BE331701
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|214007880|gb|DB987810.1|DB987810
EST:     GTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTAAGGTACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|10844483|gb|BF067742.1|BF067742
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|20811436|gb|BQ295914.1|BQ295914
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|15286069|gb|BI469960.1|BI469960
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTTTTATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120495404|gb|EH223571.1|EH223571
EST:     AAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTAGGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: AAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|20497899|gb|BQ272829.1|BQ272829
EST:     CTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: CTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120495247|gb|EH223414.1|EH223414
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|213588146|gb|DB984233.1|DB984233
EST:     ATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: ATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
EST: gi|120492737|gb|EH220904.1|EH220904
EST:     GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAA                         GTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT
genomic: GAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaa ... cttcactcagGTATGGTTCTCTAACATTTTATGCACCGGATGACAAGAAGTTTCCATCGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTCCTTTATACATTATCTTGGCCAGAAAGAATCTATTGCTCTGAAGTAACTTGGCCTCGTCTTGATCTTAGCAAgtacaaacaatttcccctgtatcatgttttctttagttcaaaaatggattactttattgagagacaaaaggaataattaaacacttttcaaatgcacaac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaggaa