Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGAGAGGGAAGGAAAAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttactgtgagatccttttgtattatatatatgtaatatttattatgtgttgttcacttgtcttgtttgttcaatttgctgcaaagtatgtgaaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G36540.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20498733|gb|BQ273663.1|BQ273663
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|20498857|gb|BQ273787.1|BQ273787
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|19053203|gb|BM731870.1|BM731870
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|9439950|gb|BE440462.1|BE440462
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|37994649|gb|CF806308.1|CF806308
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|298169681|gb|HO021041.1|HO021041
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|17962851|gb|BM269607.1|BM269607
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|5606648|gb|AI900746.1|AI900746
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|254334369|gb|GR844154.1|GR844154
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|151396530|gb|EV266407.1|EV266407
EST:     A-GATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAA-TGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         -CTGCTGAGACACTGGCAAA
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAA
EST: gi|254335254|gb|GR846751.1|GR846751
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|10845821|gb|BF068863.1|BF068863
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|9565969|gb|BE475478.1|BE475478
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACACTGGCAAAGGAAGGAATCAGTGCTGAG
EST: gi|207835633|gb|GD805630.1|GD805630
EST:     AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAG                         GCTGCTGAGACA
genomic: AAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttac ... tggtgtttagGCTGCTGAGACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGAGAGGGAAGGAAAAGATGTGACTATTACAGCCTATTCAAAAATGGTTGGCTATGCTCTCAAGgtttgtttactgtgagatccttttgtattatatatatgtaatatttattatgtgttgttcacttgtcttgtttgttcaatttgctgcaaagtatgtgaaa

- - - - - - - - AAGATG