Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCAAATCATAGCATGCATCAACAAGATAAAATGGGGGGAGGTGGTGGCAGTGTCAATGTGGATGGTAGCATGTCAAACTCCTTTAGAGGCAATGATCAGgtcagtccttttatggttgccacaaccacatgcatatttgagaaatttagctgtggataatttttctattatcttatggaatcattagggcaatacacca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G16040.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G16040.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv04s0008g04890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 11
---TTCAAATCATAGCATGCATCAACAAGATAAAATGGGGGGAGGTGGTGGCAGTGTCAATGTGGATGGTAGCATGTCAAACTCCTTTAGAGGCAATGATCAGgtcagtccttttatggttgccacaaccacatgcatatttgagaaatttagctgtggataatttttctattatcttatggaatcattagggcaata-cacca-
   ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||   ||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||| || |     |||  |||         |  || | |   |||  |  |  |    |    | |  | |        | |   |       || ||| | 
GAGTTCAAATCACAACATGCATCAGCAAGATAAAATGGGGGGAGCTGGCAGCA---TCACTGTGGATGGTAGCATGTCAAATTCTTTTCGAGGAAATGATCAGgtctgttccac-gtgggagccttctttgt-tcaatttcttttaaaaatgacaataatcaggaatacagtaaatagcaacatttccttaaatggtatcactac