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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCTAGTGCTACAGCAACATTTGTGATGATGTTTTCATCATCTTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttatataaactcttggtagttattttcttcaatttgctaggccattaatactatcaatctagagtctcttgattttgatgtgatcttatttataaatataagcataataactctagcatacttcattgtatttctttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G21310.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G21310.2 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv08s0007g04230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
GTTGCTAGTGCTACAGCAACATTTGTGATGATGTTTTCATCATCTTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttatataaac-tcttggtagttattttcttcaatttgctaggccattaatactatcaatctaga-gtctcttgattttgatgtgatcttatttataaatataagcataataactctagcatacttcattgtatttctttgcag
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GTTGCAAGCGCGACAGCAACTTTTGTGATGATGTTCTCATCATCCTTATCTGTTGTGGAGTTCTACCTCCTCAAGAGGTTTCCCATTCCATATGgtagttctcttatccatctccagggctttgattttcagaatttt---tcataaacggcttcaaattgggcgtgttttcattgaaacgagatttatcttagtga---------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193386378|gb|FK350382.1|FK350382
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCT
EST: gi|208108275|gb|GD901625.1|GD901625
EST:     TCTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTGTACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTG
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTG
EST: gi|193364959|gb|FK333216.1|FK333216
EST:     TTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTT
genomic: TTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATT-CCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTT
EST: gi|193689584|gb|FK628827.1|FK628827
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|207707045|gb|GD689189.1|GD689189
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|193445565|gb|FK412656.1|FK412656
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|208256299|gb|GE057058.1|GE057058
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCT
EST: gi|192317082|gb|FK007849.1|FK007849
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|208295832|gb|GE092207.1|GE092207
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|193337052|gb|FK302432.1|FK302432
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCA
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCA
EST: gi|193556361|gb|FK513600.1|FK513600
EST:     GTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGACGGTTCCCCCATTTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAG
genomic: GTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGA-GGTTCCCC-ATT-CCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAG
EST: gi|193494884|gb|FK460618.1|FK460618
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTGCCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAG
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAG
EST: gi|208112947|gb|GD910586.1|GD910586
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|193617270|gb|FK567488.1|FK567488
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTT
EST: gi|192317081|gb|FK007848.1|FK007848
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|14126025|gb|BG790463.1|BG790463
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|207766033|gb|GD735534.1|GD735534
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
EST: gi|193481968|gb|FK444399.1|FK444399
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTT
EST: gi|208245155|gb|GE037013.1|GE037013
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAG
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAG
EST: gi|207765830|gb|GD735471.1|GD735471
EST:     TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATG                         CATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT
genomic: TTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttata ... ttctttgcagCATTATACCTCACCTCAGTGTCTGTTTTGGCTGGGTTCTGGGGACAGTTCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GTTGCTAGTGCTACAGCAACATTTGTGATGATGTTTTCATCATCTTTGTCAGTGGTTGAATTCTACCTTCTCAAGAGGTTCCCCATTCCTTATGgtaatttatataaactcttggtagttattttcttcaatttgctaggccattaatactatcaatctagagtctcttgattttgatgtgatcttatttataaatataagcataataactctagcatacttcattgtatttctttgcag

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